结论：劳动合同上约定加班实行综合工时制，但实际采用标准工时制，这种做法在法律上是不被直接认可的，可能会引发一系列法律问题。以下从不同角度进行详细分析：

1. 工时制度的法律定义与区别：

   • 综合工时制：是指用人单位因生产特点不能实行标准工时制，经劳动行政部门批准，对特定职工实行的，以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于“综合计算”，即在一个周期内，总工作时间可以超过标准工时制下的工作时间，但平均下来应符合法定标准。
   • 标准工时制：是指每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。这是最常见的工时制度，也是法律默认的工时制度。

2. 劳动合同约定与实际执行不符的法律后果：

   • 合同效力问题：劳动合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。如果合同中明确约定了加班实行综合工时制，但实际执行的是标准工时制，这可能构成对合同条款的违反，影响合同的效力。
   • 加班费计算问题：综合工时制和标准工时制下的加班费计算方式是不同的。在综合工时制下，只有在一个周期内总工作时间超过法定标准时，才需要支付加班费；而在标准工时制下，只要每日或每周工作时间超过法定标准，就需要支付加班费。因此，实际执行与合同约定不符可能导致加班费计算错误，引发劳动争议。
   • 行政处罚风险：用人单位未经劳动行政部门批准，擅自实行综合工时制，或者实际执行与批准不符的工时制度，可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。

3. 法律建议：

   • 及时调整合同与实际执行：用人单位应确保劳动合同中的工时制度条款与实际执行一致。如果确实需要变更工时制度，应依法向劳动行政部门申请批准，并修改劳动合同中的相关条款。
   • 加强沟通与培训：用人单位应加强与员工的沟通，确保员工了解并同意工时制度的变更。同时，对人力资源管理人员进行培训，提高其对工时制度的理解和执行能力。
   • 依法支付加班费：无论采用何种工时制度，用人单位都应依法支付加班费。如果因工时制度变更导致加班费计算错误，应及时纠正并补发加班费。

4. 员工权益保护：

   • 员工有权要求按合同执行：如果员工发现用人单位实际执行的工时制度与劳动合同约定不符，有权要求用人单位按照合同约定执行。
   • 员工可以投诉或申请仲裁：如果用人单位拒绝改正或因此损害员工权益，员工可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结：劳动合同上约定加班实行综合工时制但实际采用标准工时制是不被法律直接认可的。用人单位应确保合同约定与实际执行一致，并依法支付加班费。员工也有权要求用人单位按合同执行，并在权益受损时采取法律手段维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。