结论：公司实际按标准工时计算，而合同写的是综合工时计算，这种做法在法律法规上一般是不合法的，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、综合工时制与标准工时制的区别
综合工时制：
- 定义：综合计算工时工作制是指采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同的一种工时制度。
- 适用范围：主要适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业中的部分职工，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
标准工时制：
- 定义：标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。
- 适用范围：这是最普遍的工时制度，适用于大多数企业和职工。
二、公司行为的合法性分析
合同约定与实际履行不符：
- 如果劳动合同中明确约定了综合工时制，但公司实际上却按照标准工时制来计算工作时间和工资，这构成了合同约定与实际履行的不符。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。因此，公司这种做法在法律上是不合规的。
综合工时制的审批：
- 实行综合计算工时工作制，应分别经行业主管部门审核后，报企业所在地劳动保障行政部门批准。未经批准，用人单位不得擅自实行综合计算工时工作制。
- 如果公司未获得相关部门的批准就擅自实行综合工时制，或者虽然获得了批准但实际并未按照综合工时制来执行，那么公司的行为也是不合法的。
劳动者权益保护：
- 无论公司采用哪种工时制度，都必须确保劳动者的合法权益不受侵害。这包括但不限于合理的休息时间、加班工资的支付等。
- 如果公司按照标准工时制来计算工作时间，但实际上却要求劳动者加班而不支付加班工资，或者未给予劳动者足够的休息时间，那么公司的行为也是违法的。
三、建议与措施
与公司沟通：
- 劳动者可以先与公司进行沟通，了解公司为何会按照标准工时制来计算工作时间，并要求公司按照劳动合同的约定来执行。
向劳动保障部门投诉：
- 如果公司拒绝改正或者劳动者对公司的解释不满意，劳动者可以向当地的劳动保障部门投诉，要求劳动保障部门介入调查并处理。
寻求法律援助：
- 如果劳动者的权益受到了严重侵害，劳动者还可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，公司实际按标准工时计算而合同写的是综合工时计算的做法，在法律法规上一般是不合法的。劳动者应该了解自己的权益，并在必要时采取措施来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。