合同约定综合工时制，但实际工资按计件制算是否违反合同约定，需要具体分析合同的具体内容和实际的工作情况。以下是详细分析：

1. 综合工时制与计件制的定义：

   • 综合工时制：是指因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
   • 计件制：是指按照劳动者生产的合格产品的数量或完成的工作量来计算工资的一种工资制度。

2. 合同约定的重要性：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
   • 合同中关于工时制度和工资制度的约定，是双方必须遵守的重要内容。

3. 是否违反合同约定的判断：

   • 如果合同中明确约定了采用综合工时制，并且同时约定了工资计算方式（无论是计时还是计件），那么实际执行时应当与合同约定一致。
   • 如果合同中只约定了综合工时制，但未明确工资计算方式，或者虽然约定了工资计算方式但与实际执行的不符，那么就需要进一步分析：
     • 若实际执行的计件制工资制度在劳动者入职时或后续得到了劳动者的明确同意，且不违反法律法规的强制性规定，那么可以视为双方对合同进行了实际变更，不构成违约。
     • 若实际执行的计件制工资制度未经劳动者同意，或者违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），那么用人单位的行为就可能构成违约。

4. 法律建议：

   • 劳动者应当仔细审查自己的劳动合同，确保对工时制度和工资制度有清晰的了解。
   • 如果发现实际执行的工资制度与合同约定不符，应当及时与用人单位沟通，要求按照合同约定执行或协商变更合同。
   • 如果无法协商解决，劳动者可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

综上所述，合同约定综合工时制，但实际工资按计件制算是否违反合同约定，取决于合同的具体内容和实际的工作情况。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。