结论：公司未经法定程序，擅自将标准工时制变更为综合工时制，是违法的。
分析说明：
工时制度的变更需法定程序：
- 根据我国相关劳动法律法规，工时制度的变更（如从标准工时制变更为综合工时制）并非公司单方面可以决定的事项，而是需要经过与劳动者协商，并报劳动行政部门批准后才能实施。
- 如果公司未履行这些法定程序，就擅自变更工时制度，那么这种变更就是无效的，公司仍然需要按照原工时制度（即标准工时制）来执行。
标准工时制与综合工时制的区别：
- 标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。
- 综合工时制则是指用人单位经批准，可以分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 两种工时制度在工作时间计算、加班费支付等方面存在显著差异，因此不能随意变更。
公司违法变更工时制度的后果：
- 如果公司违法变更工时制度，劳动者有权拒绝执行，并可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
- 劳动行政部门有权对公司进行处罚，并要求公司恢复原工时制度或按照法定程序重新申请变更。
- 如果公司因此给劳动者造成损失的，还需要承担赔偿责任。
行动建议：
- 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，明确表达你对工时制度变更的异议，并要求公司按照原工时制度执行或按照法定程序重新申请变更。
- 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门对公司进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果劳动行政部门未能及时处理或处理结果不满意，你还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，关键在于确认公司是否履行了法定程序来变更工时制度。如果公司未履行法定程序，那么其变更行为就是违法的，劳动者有权拒绝执行并寻求法律救济。
- 同时，劳动者也需要了解自己的权益和义务，以及工时制度变更可能带来的影响，以便在协商、投诉或仲裁过程中能够充分维护自己的权益。
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