结论：公司标准工时合同变为综合工时制合同，并不意味着原来的无固定期限合同就作废了。
分析说明：
合同变更的性质：
- 当公司与员工协商一致，将标准工时制变更为综合工时制时，这实际上是对原劳动合同中的工作制度条款进行了变更。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，并且应当采用书面形式。因此，这种变更并不导致原劳动合同的作废，而是对原合同的部分条款进行了修改。
无固定期限合同的特性：
- 无固定期限劳动合同，是指用人单位与劳动者约定无确定终止时间的劳动合同。这种合同的特点在于其没有明确的终止日期，除非出现法定或约定的解除条件，否则合同将持续有效。
- 因此，仅仅因为工作制度的变更，并不会影响无固定期限劳动合同的持续有效性。
变更后的合同效力：
- 变更后的劳动合同，包括工作制度的变更，只要符合法律法规的规定，并且双方当事人已经协商一致并签署了书面变更协议，那么变更后的合同条款就具有法律效力。
- 这意味着，员工需要按照变更后的综合工时制来履行其工作职责，而公司也需要按照变更后的合同来支付劳动报酬和提供相应的劳动条件。
法律建议：
- 如果公司提出变更工作制度，员工应当仔细阅读变更协议的内容，确保自己了解并同意变更后的条款。
- 如果员工对变更协议有任何疑问或不满，应当及时与公司进行沟通协商，以寻求合理的解决方案。
- 如果双方无法就变更协议达成一致意见，员工可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，比如向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
可能后果：
- 如果员工同意变更并签署了书面变更协议，那么员工需要按照变更后的综合工时制来工作，否则可能构成违约行为。
- 如果员工不同意变更并且公司单方面变更了工作制度，员工有权拒绝按照变更后的制度工作，并可以要求公司按照原合同履行义务。如果公司因此解除劳动合同，员工可以依法主张自己的权益，比如要求公司支付经济补偿金等。
总之，公司标准工时合同变为综合工时制合同，并不意味着原来的无固定期限合同就作废了。双方应当遵循平等自愿、协商一致的原则进行变更，并确保变更后的合同条款符合法律法规的规定。如果有任何疑问或不满，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。