结论是：综合工时制下，公司因自身原因导致员工工时不足，并扣减下个月工时的做法，通常是违法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、综合工时制的基本规定
综合工时制，也称为综合计算工时工作制，是指用人单位因工作性质特殊或需连续作业，无法实行标准工时制，而采用以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的一种工时制度。在综合工时制下，员工的工作时间可能超过标准工作时间，但平均下来应不超过法定工作时间。
二、公司扣减工时的合法性分析
合同约定与法律规定：
- 首先，需要查看您与公司签订的劳动合同中，是否有关于综合工时制下工时计算、扣减以及工资支付的明确约定。如果合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。
- 然而，即使合同中有相关约定，如果该约定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），那么该约定也是无效的。
公司原因导致工时不足：
- 如果是因为公司自身的原因（如生产任务不足、设备故障等）导致员工工时不足，那么公司无权因此扣减员工的下个月工时。因为这种情况下，工时不足并非员工的原因造成，员工没有过错。
- 公司应当按照劳动合同的约定和国家规定，向员工支付工资。如果因为公司原因导致员工工时不足，公司可以考虑通过调整工作任务、安排培训或其他方式来弥补工时，而不是直接扣减工资或工时。
扣减工时的法律后果：
- 如果公司擅自扣减员工的工时或工资，可能构成违法行为。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资，并可能要求公司支付赔偿金。
三、建议与措施
与公司协商：
- 如果您发现公司存在扣减工时的情况，首先可以尝试与公司进行协商，了解扣减工时的原因，并表达您的异议和诉求。
收集证据：
- 如果协商无果，您需要收集相关证据（如工资条、考勤记录、劳动合同等），以证明公司存在扣减工时或工资的行为。
寻求法律帮助：
- 如果公司拒绝改正或协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在维权过程中，您可以咨询专业的劳动法律师，以获取更全面的法律帮助和支持。
最后，我想强调的是，作为劳动者，您有权获得合法的劳动报酬和工作时间。如果公司存在违法行为，您应当积极维护自己的合法权益。如果您有任何关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，都可以直接向我咨询。