综合工时制员工因个人原因被扣工资，是否违法需视具体情况而定。

一. 综合工时制与工资扣除的基本关系

1. 综合工时制的定义：综合工时制是指因工作性质特殊或受季节、自然条件限制，需在一定时间内连续作业或完成某项工作任务，而采用的以周、月、季或年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在此制度下，员工的工作时间可能并不固定，但需在一个周期内平均计算。

2. 工资扣除的合法性：根据《劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位有权根据员工的出勤、工作表现及公司规章制度等情况，合法地扣除员工工资。但扣除必须基于合法、合理且明确的规定，不能随意扣减。

二. 因个人原因扣工资的具体情况分析

1. 合法扣除的情形：

   • 若员工因个人原因（如迟到、早退、旷工等）违反了公司的规章制度，且该规章制度中明确规定了相应的扣款条款，则用人单位有权按照规章制度扣除员工工资。
   • 若员工因个人原因造成公司损失，且公司能够证明该损失与员工的行为有直接关系，则用人单位有权要求员工赔偿损失，并从其工资中扣除相应金额。

2. 违法扣除的情形：

   • 若员工虽因个人原因请假或未出勤，但公司并未在规章制度中明确规定相应的扣款条款，或扣款金额超出了合理范围，则用人单位的扣款行为可能构成违法。
   • 若用人单位以员工个人原因为由，随意扣减其工资，且无法提供合法、合理的扣款依据，则同样构成违法。

三. 结论与建议

• 结论：因此，综合工时制员工因个人原因被扣工资是否违法，需根据具体情况判断。若扣款行为基于合法、合理且明确的规定，则不构成违法；反之，则可能构成违法。

• 建议：用人单位在制定规章制度时，应明确规定员工因个人原因违反规章制度时的扣款条款，并确保扣款行为合法、合理。同时，员工也应遵守公司规章制度，避免因个人原因造成不必要的损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。