结论：综合工时制下，公司扣除三薪对应的工时是否合法，需根据具体情况判断，主要看扣除行为是否符合法律法规及劳动合同的约定。

分析说明：

1. 综合工时制的基本特点：

   • 综合工时制是指企业因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需要安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
   • 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按照规定支付报酬。

2. 三薪的计算与支付：

   • 三薪通常指的是法定节假日的加班工资，按照法律规定，法定节假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 在综合工时制下，如果法定节假日当天劳动者被安排工作，那么这部分工作时间应单独计算，并按照三薪的标准支付报酬，不应与其他工作时间混同计算。

3. 公司扣除工时的合法性判断：

   • 如果扣除的是法定节假日的三薪工时，且未支付相应报酬：这种行为是不合法的。因为法定节假日的工作时间应单独计算，并支付三薪，公司无权扣除这部分工时而不支付报酬。
   • 如果扣除的是非法定节假日的工时，且符合综合工时制的计算规则：在综合计算周期内，如果总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，公司有权根据工作需要调整劳动者的工作时间，包括扣除某些工时。但这种情况下，扣除的工时不应是法定节假日的三薪工时。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中有特别约定：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了综合工时制下工时的计算、扣除及报酬支付方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照这些规定执行。但即便如此，公司也无权扣除法定节假日的三薪工时而不支付报酬。

法律建议：

• 劳动者应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解综合工时制的具体规定和报酬支付方式。
• 如果公司扣除了法定节假日的三薪工时且未支付相应报酬，劳动者可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在处理此类纠纷时，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、工资单、劳动合同等，以便在需要时证明自己的权益。

可能后果：

• 如果公司扣除法定节假日三薪工时且未支付报酬的行为被认定为违法，公司可能需要补发工资、支付赔偿金，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 劳动者如果因此与公司产生纠纷，可能会影响双方的关系和工作氛围，因此建议通过协商或法律途径妥善解决。

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