关于“三薪不算工时是否合法”的问题，结论需分情况讨论：

1. 若“三薪”指法定节假日的加班工资，且已按法定标准支付，则不计入工时合法
   根据《劳动法》第四十四条，法定节假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资300%的工资报酬，且不得以调休替代。此时，用人单位支付三薪后，无需再计入正常工时，因为法定节假日本身不属于工作日，支付三薪是法定补偿义务。
   举例：春节假期（法定节假日）加班，单位支付3倍工资后，无需将加班时间折算为正常工时或安排补休。

2. 若“三薪”指休息日加班工资，但未计入工时或未安排补休，则可能违法
   休息日（如周末）安排加班且不能补休的，用人单位需支付不低于工资200%的工资报酬。此时，若未将加班时间计入总工时，或未支付2倍工资，则违反《劳动法》第四十四条。
   举例：周六加班但未安排补休，单位仅支付1倍工资且未记录加班工时，劳动者可主张补足差额或要求补休。

3. 若“三薪”是单位自行设定的福利（非法定加班工资），则需看具体约定
   若单位在劳动合同或规章制度中约定“三薪”为额外福利（如年终奖金、绩效奖励等），且未明确与工时挂钩，则不计入工时通常合法。但需注意：

   • 福利发放需符合劳动合同或规章制度；
     
   • 不得以福利替代法定加班工资（如用“三薪”抵消法定节假日3倍工资）。

法律建议：

• 劳动者可要求单位出具工资条，核对“三薪”性质（法定加班工资/福利）及计算方式；
  
• 若发现单位未依法支付加班工资或虚假记录工时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 保留加班证据（如考勤记录、工作通知等），以便维权时使用。

可能后果：

• 单位违法不支付加班工资的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不付的加付50%-100%赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
  
• 劳动者以此为由解除劳动合同的，可主张经济补偿金（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。

如有具体场景（如单位如何发放“三薪”、是否签订劳动合同等），可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。