公司实行综合计算工时工作制在符合法律规定的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细解析：
综合计算工时工作制的定义与合法性
- 综合计算工时工作制是基于标准工作时间，以一定周期（如周、月、季、年）为单位，综合计算工作时间的工时制度。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条以及原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关法规，对于因生产特点不能实行标准工时制度的行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等需连续作业的职工，以及地质勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业部分职工，可以实行综合计算工时工作制。
实行综合计算工时工作制的条件
- 实体条件：企业必须属于特定的行业或具有特殊的工作性质，这些行业或岗位因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制。
- 程序条件：企业实行综合计算工时工作制前，必须报经当地区县级以上劳动保障行政部门批准。未经审批擅自实行的，将视为违法行为。
综合计算工时工作制下的权益保障
- 工作时间限制：虽然综合计算工时工作制允许在一定周期内灵活安排工作时间，但劳动者的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。即在一个综合计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 加班费支付：若在某具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则不需支付加班费。然而，若超过总法定标准工作时间，应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；法定休假日安排劳动者工作的，则需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
- 休息休假权利：企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
违法行为的法律责任
- 若企业未经审批擅自实行综合工时制，或在实行过程中违反工作时间限制、不依法支付加班费等规定，将面临法律风险和被处罚的可能。
- 劳动者在合法权益受到侵害时，应及时向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，公司实行综合计算工时工作制在符合法律规定的条件下是合法的，但企业必须严格遵守相关法规和规定，确保员工的权益得到充分保障。如果您或您所在的公司对综合计算工时工作制有进一步的疑问或需要法律咨询，请随时向我提问。