结论：公司不符合综合工时制，但在合同中却写了综合计算工时制，这种做法一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、综合工时制的定义与审批要求
综合计算工时工作制，是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排员工连续作业，无法实行标准工时制度，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。但实行综合计算工时工作制，必须经过劳动保障行政部门的审批。未经审批，用人单位不得擅自实行综合计算工时工作制。
二、合同中约定综合计算工时制的合法性
若公司未经审批：
- 如果公司并未经过劳动保障行政部门的审批，就擅自与员工在劳动合同中约定实行综合计算工时制，这种约定是无效的。因为综合计算工时制并非用人单位可以单方面决定的，它必须经过法定程序的审批。
- 在这种情况下，即使合同中有相关约定，员工仍然有权按照标准工时制来主张自己的权益，如加班费、休息休假等。
若公司已获审批：
- 如果公司已经获得了劳动保障行政部门的审批，可以实行综合计算工时制，那么在劳动合同中约定综合计算工时制就是合法的。但公司必须确保员工的实际工作时间不超过综合计算周期内的法定工作时间，否则仍需支付加班费。
三、员工如何维护自己的权益
核实审批情况：
- 员工可以首先向公司了解是否已经获得了实行综合计算工时制的审批。如果公司无法提供审批文件，那么员工可以认为公司并未获得审批。
收集证据：
- 员工应收集与工作时间、加班情况等相关的证据，如考勤记录、工作日志、加班通知等。这些证据将有助于员工在后续维权过程中证明自己的主张。
与公司协商或投诉：
- 如果员工发现公司未经审批就实行综合计算工时制，或者实际工作时间超过了法定工作时间而未支付加班费，可以与公司进行协商，要求公司改正并支付相应的加班费。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动保障监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果员工与公司之间的争议无法通过协商或投诉解决，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付加班费、经济补偿等。
- 如果对劳动仲裁结果不满，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的权益。
四、法律后果
如果公司未经审批就擅自实行综合计算工时制，或者实际工作时间超过了法定工作时间而未支付加班费，公司可能面临以下法律后果：
- 支付加班费：公司需要按照法律规定支付员工相应的加班费。
- 行政处罚：劳动保障行政部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 民事赔偿：如果员工因公司违法行为而遭受损失，公司可能需要承担民事赔偿责任。
建议：作为员工，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的工作时间和加班情况。如果发现公司存在违法行为，应及时收集证据并维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。