结论：公司没有综合工时制批文但给员工签订综合工时制劳动合同，该劳动合同中关于工时制的部分条款可能因违反法律法规的强制性规定而无效，但劳动合同的其他部分如果符合法律规定，仍然有效。

详细分析：

1. 综合工时制的定义与审批：

   • 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许企业根据生产、工作的特点，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 根据相关法律法规，企业实行综合工时制需要经过劳动行政部门的审批，并获得相应的批文。

2. 未获批文签订综合工时制劳动合同的效力：

   • 如果公司没有获得综合工时制的批文，却与员工签订了包含综合工时制条款的劳动合同，这部分条款可能因违反法律法规的强制性规定（即未经审批实行综合工时制）而被认定为无效。
   • 劳动合同的无效部分不影响其他部分的效力，其他部分如果符合法律规定，仍然有效。这意味着，除了工时制条款外，劳动合同中的其他条款（如工资、福利、工作内容等）如果合法，仍然对双方具有约束力。

3. 法律后果与风险：

   • 对于公司而言，未经审批实行综合工时制可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。
   • 对于员工而言，如果公司实际上按照综合工时制安排工作，但未经审批，员工有权向劳动行政部门投诉，并可能要求公司按照标准工时制支付加班费等。
   • 如果因工时制问题引发劳动争议，公司可能需要承担举证责任，证明其工时制的合法性或合理性。

4. 建议与措施：

   • 公司应尽快向劳动行政部门申请综合工时制的审批，确保工时制的合法性。
   • 在获得批文前，公司应按照标准工时制安排员工的工作和休息时间，避免违法风险。
   • 如果已经签订了包含综合工时制条款的劳动合同，公司应与员工协商修改合同条款，或签订补充协议明确工时制的具体安排和合法性。

进一步思考：

• 公司在实行特殊工时制度时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保工时制的合法性和合理性。
• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工时制的部分，确保自己的权益不受侵害。
• 如果因工时制问题引发劳动争议，双方应积极协商解决，或寻求法律途径维护自己的合法权益。

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