核心结论：若公司未依法申请综合计算工时工作制却与员工签订了相关协议，该协议可能因违反法律强制性规定而无效，员工可依法主张权益。以下从法律风险、员工权益保护、公司合规建议三个角度展开分析：

1. 法律风险：协议可能无效，公司面临行政处罚

• 综合工时制需审批：根据《劳动法》第三十九条及地方规定，实行综合计算工时工作制需经劳动行政部门审批，未审批擅自实施属于违法行为。
• 协议效力存疑：若公司未获批却与员工签订“综合工时制”协议，该条款可能因违反法律强制性规定而被认定无效（《劳动合同法》第二十六条）。
• 行政处罚风险：劳动行政部门可责令公司限期整改，并处以罚款（如《劳动保障监察条例》第二十五条）。

2. 员工权益保护：可主张加班费或解除合同

• 加班费计算：若公司实际按标准工时制安排工作（如每日超8小时、每周超40小时），员工有权要求按150%（工作日）、200%（休息日）、300%（法定节假日）支付加班费。
• 合同解除权：若公司以“综合工时制”为由拒绝支付加班费或强制加班，员工可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同，并主张经济补偿金（N倍月工资）。
• 举证要点：员工需保留考勤记录、工资条、加班通知等证据，证明实际工作时间超出法定标准。

3. 公司合规建议：立即整改并补办审批

• 补办审批手续：公司应尽快向劳动行政部门申请综合计算工时工作制审批，获批前按标准工时制执行。
• 调整协议条款：若审批未通过，需与员工协商修改劳动合同，明确工时制度（如标准工时制），并依法支付加班费。
• 避免强制加班：即使获批综合工时制，也需在审批周期内（如季度、年度）平均工作时间不超过法定标准，否则仍需支付加班费。

行动建议：

• 若您是员工，可先与公司协商补发加班费；协商不成，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  
• 若您是公司方，建议立即停止违法行为，补办审批并调整工时管理，避免法律纠纷升级。
  

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