结论：员工在综合工时制未审批的情况下签订了劳动合同，一般情况下不能仅因此反悔或主张合同无效，但具体还需结合实际情况来判断。
分析说明：
综合工时制的审批与合同效力：
- 综合工时制是一种特殊的工时制度，需要经过劳动行政部门的审批才能实施。如果企业未经过审批就擅自实行综合工时制，这属于违法行为。
- 然而，劳动合同的效力并不完全取决于工时制度的审批情况。劳动合同是双方自愿、平等、协商一致的基础上订立的，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，合同就是有效的。
员工反悔的可能性：
- 如果员工在签订劳动合同时，并不知道企业未经过审批就实行综合工时制，且这一事实对员工是否签订合同产生了重大影响，员工可能会以“重大误解”或“欺诈”为由主张合同无效或可撤销。但这种情况下，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张。
- 如果员工在签订合同时已经知道或应当知道企业未经过审批就实行综合工时制，但仍然选择签订合同，那么员工就不能再以这一理由反悔或主张合同无效。
实际操作建议：
- 对于员工而言，如果发现自己所在的企业未经过审批就实行综合工时制，且这一制度对自己的权益产生了不利影响，可以先与企业进行协商，要求企业改正或给予相应的补偿。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉或举报企业的违法行为，并寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果企业因为未经过审批就实行综合工时制而受到了劳动行政部门的处罚，且这一处罚与员工的权益直接相关（如企业因此降低了员工的工资或福利待遇），员工可以以此为由主张自己的权益受到了侵害，并要求企业给予相应的补偿或赔偿。
后续行动建议：
- 如果你作为员工遇到了类似的情况，建议先收集相关证据（如劳动合同、工资单、工作记录等），然后咨询专业律师以了解自己的权益和可能的维权途径。
- 如果你作为企业方，建议尽快办理综合工时制的审批手续，并确保员工的权益不受侵害，以避免可能的法律纠纷和损失。
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