结论：在劳动行政部门未批准综合工时制的情况下，即使员工签字同意，该综合工时制的安排也是无效的。

分析说明：

1. 法律规定的必要性：

   • 根据相关法律法规，实行综合计算工时工作制需要经过劳动行政部门的批准。这是法律对用人单位实行特殊工时制度的一种监管方式，旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者的休息休假权利得到保障。

2. 员工签字的效力：

   • 员工签字同意综合工时制，并不意味着该制度就自动生效。因为，工时制度的设定不仅涉及劳动者的个人意愿，还受到法律法规的严格约束。如果未经劳动行政部门批准，即使员工签字，也不能改变该制度违法的事实。

3. 违法后果：

   • 如果用人单位未经批准擅自实行综合工时制，可能会面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。同时，劳动者也有权要求用人单位按照标准工时制支付加班费等合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 对于用人单位而言，如果希望实行综合工时制，应当提前向劳动行政部门提出申请，并按照规定的程序进行审批。在获得批准后，再与员工签订相关的工时制度协议，以确保合法合规。
   • 对于劳动者而言，如果发现用人单位未经批准擅自实行综合工时制，可以向劳动行政部门投诉举报，维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 在实际操作中，有些用人单位可能会试图通过与员工签订协议的方式，规避劳动行政部门的审批程序。然而，这种做法是违法的，也是无效的。因为，法律法规的强制性规定不能通过私人协议来改变。
• 劳动者在签订任何与工时制度相关的协议时，都应当仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如果发现协议内容违法或侵犯了自己的合法权益，应当拒绝签订并及时向相关部门投诉举报。

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