公司申请综合工时制并不需要员工签字同意，但需满足法定程序并保障员工知情权。以下从不同角度详细分析：

1. 法律程序要求

根据《劳动法》第三十九条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业申请综合工时制需向劳动行政部门提出申请，并提交以下材料：

• 企业营业执照副本；
• 申请报告（说明实行综合工时制的岗位、工时计算周期、平均日/周工作时间等）；
• 职工代表大会或工会意见（需附会议纪要或书面意见）；
• 员工名册及岗位说明。

关键点：法律未要求员工个人签字同意，但需通过职代会或工会程序保障集体协商权。若企业未履行民主程序（如未征求工会意见），可能面临行政处罚或工时制无效风险。

2. 员工知情权与异议权

虽然无需签字，但企业需履行以下义务：

• 公示告知：将审批结果及综合工时制方案（如工时周期、加班计算规则）在厂区显著位置公示，或通过内部系统通知员工；
• 异议处理：员工对工时安排有异议的，可向企业人力资源部门或劳动监察部门投诉，企业需在合理期限内答复。

风险提示：若企业隐瞒综合工时制审批情况，导致员工在不知情下超时工作，可能被认定为未支付加班费，需承担补发工资及赔偿金责任。

3. 特殊情形下的员工同意

以下情况需员工书面同意：

• 劳动合同变更：若原合同约定标准工时制，企业需与员工协商一致并签订补充协议，方可实行综合工时制；
• 超时加班：在综合工时制周期内，若员工总实际工作时间超过法定标准（如月176小时），超出部分需按150%支付加班费，且需员工确认加班时长。

示例：某企业申请以季度为周期的综合工时制，若某员工季度总工时为520小时（法定标准为528小时），虽未超时，但若其中某个月工时达200小时，企业仍需支付该月超出176小时部分的加班费。

4. 未履行程序的法律后果

若企业未依法申请综合工时制或未履行民主程序，可能面临：

• 行政处罚：劳动行政部门可责令限期改正，并处以罚款；
• 工时制无效：员工可主张按标准工时制计算加班费，企业需补发差额；
• 劳动争议风险：员工可能以“未提供劳动条件”为由解除合同并主张经济补偿。

实务建议

1. 企业端：申请前完善职代会或工会程序，保留会议记录；审批后及时公示并留存证据；建立工时统计系统，避免超时加班。
2. 员工端：若发现企业未公示综合工时制审批文件，可要求企业出示；对超时加班记录保留证据（如考勤表、工资条），必要时申请劳动仲裁。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或风险防范方案。