工厂实行综合工时制确实需要经过员工的同意。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工时制度分为标准工时制、综合计算工时工作制和不定时工作制三种。其中，综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。但实行综合计算工时工作制，必须经过劳动保障行政部门的审批，并且，在实行过程中，也应当充分尊重和保障员工的知情权、同意权。
二、员工同意的必要性
尊重员工权益：员工是劳动关系的主体之一，其权益应得到充分尊重和保护。实行综合工时制可能对员工的工作时间、休息休假等产生直接影响，因此，必须征得员工的同意。
避免劳动纠纷：如果工厂未经员工同意擅自实行综合工时制，可能引发劳动纠纷，甚至面临法律诉讼。这不仅会影响工厂的正常运营，还可能对工厂的声誉造成损害。
符合法律规定：虽然法律没有明确规定实行综合工时制必须经员工个人同意（但需经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，且需报劳动保障行政部门审批），但从实际操作和员工权益保护的角度出发，征得员工同意是更为合理和稳妥的做法。在实际操作中，许多地区和行业也要求实行综合工时制必须经员工同意。
三、实施建议
充分沟通：工厂在决定实行综合工时制前，应与员工进行充分沟通，解释实行综合工时制的原因、目的、具体安排等，听取员工的意见和建议。
签订协议：在征得员工同意后，工厂应与员工签订书面协议，明确实行综合工时制的具体安排、工作时间、休息休假、工资待遇等事项，以保障双方的权益。
报批备案：工厂应按照相关规定，将实行综合工时制的方案报劳动保障行政部门审批，并按照审批结果执行。
关注员工反馈：在实行综合工时制过程中，工厂应关注员工的反馈和意见，及时调整和优化方案，确保员工的权益得到充分保障。
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