结论：用人单位在没有获得综合工时制审批的情况下，与员工在劳动合同中约定综合工时制，该约定是无效的。

分析说明：

1. 法律依据与审批要求：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，企业在实行综合工时制之前，必须经过劳动行政部门的审批，获得相关许可。这一审批程序是法定要求，旨在保障劳动者的合法权益，确保企业合理安排工作时间和休息休假。
   • 《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》也明确规定了实行综合计算工时制和不定时工时制属于行政许可范围，未经申请审批备案，用人单位无权自行实行。

2. 未经审批的综合工时制无效及其后果：

   • 法律效力问题：企业若未经审批擅自实行综合工时制，则该工时制度不具备法律效力。即使企业与劳动者在劳动合同中约定了综合工时制，但因未履行审批手续，该约定仍属无效。
   • 行政处罚与责任：劳动行政部门有权责令企业改正违规行为，包括向劳动者支付延长工作时间的工资，并需要补办审批手续。同时，企业还可能面临相应的罚款等行政处罚。
   • 加班费的支付：在未经审批的综合工时制下，如果劳动者的工作时间超过了标准工时制的时间（即每日工作超过8小时，每周工作超过40小时），那么这部分时间应折算成加班工时。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。
   • 默认适用标准工时制：对于未经审批的企业，默认适用标准工时制度。即劳动者每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时。企业需按照此标准安排工作时间和休息休假。

3. 特殊案例与观点分析：

   • 尽管有观点认为，劳动行政规章中有关实行综合计算工时工作制应经劳动行政部门批准的规定可能属于管理性规范，而非效力性强制性规定，因此未经审批的综合工时制不一定导致劳动合同无效。但这一观点并未得到广泛认可。在实际法律实践中，法院通常倾向于认为未经审批的综合工时制无效，并据此判决企业承担相应的法律责任。

行动建议：

• 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保工时制度的合法性和有效性。在实行综合工时制前，务必履行审批手续，以获得法律上的认可和保护。
• 对于劳动者：应了解自己的工时权益，对于未经审批的工时制度，有权要求企业按照标准工时制执行并支付相应的加班费。如果发现用人单位存在违规行为，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

后续思考：

• 用人单位在实行特殊工时制度时，应充分了解并遵守相关法律法规，避免因违规操作而引发劳动纠纷。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工时制度的约定，确保自己的合法权益得到保障。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。