公司让员工签综合工时制，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、综合工时制的定义与适用范围

综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排员工连续作业，无法实行标准工时制时，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。它主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业，以及生产任务不均衡、需要集中工作、集中休息的岗位。

二、综合工时制的合法性条件

1. 行业与岗位适用性：

   • 综合工时制并非适用于所有行业和岗位。根据《劳动法》及相关规定，只有符合特定行业和岗位特点的工作，才能申请实行综合工时制。

2. 劳动行政部门批准：

   • 实行综合工时制必须经过劳动行政部门的批准。用人单位需向劳动行政部门提交申请，并提供相关证明材料，如行业特点、岗位性质、工作时间安排等。劳动行政部门审核通过后，会颁发批准文件，用人单位方可实行综合工时制。

3. 保障员工休息权：

   • 即使实行综合工时制，用人单位也必须保障员工的休息权。在综合计算周期内，员工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。超出部分应视为延长工作时间，并按照相关规定支付加班费。

三、公司让员工签综合工时制的注意事项

1. 明确告知与协商：

   • 公司在让员工签订综合工时制合同时，应明确告知员工该工时制度的具体内容、适用范围、工作时间安排以及加班费支付等事项。同时，应与员工进行充分协商，确保员工自愿接受该工时制度。

2. 合同条款合法合规：

   • 综合工时制合同中的条款应合法合规，不得违反《劳动法》及相关规定。例如，合同中应明确综合计算周期、工作时间安排、加班费支付标准等事项。

3. 遵守审批程序：

   • 公司在实行综合工时制前，必须按照法定程序向劳动行政部门申请批准。未经批准擅自实行综合工时制的，将面临法律责任。

四、员工权益保护

1. 监督与投诉：

   • 员工有权监督公司是否按照批准的综合工时制安排工作时间和支付加班费。如发现公司存在违法行为，员工可以向劳动行政部门投诉或举报。

2. 法律救济：

   • 如因综合工时制引发劳动争议，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

建议：公司在让员工签订综合工时制合同时，应确保符合法定条件和程序，并充分保障员工的休息权和合法权益。员工在签订合同时也应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。