合同中同时约定综合计算工作制和计时工作制，在符合法定条件且明确区分适用情形的前提下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《劳动法》第三十九条以及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》的相关规定，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，这其中就包括综合计算工时工作制和不定时工作制（不定时工作制与计时工作制有一定关联性，这里从广义理解）。法律并未禁止在一份合同中根据不同岗位、工作性质等约定不同的工时制度，只要这些工时制度的实行都经过了合法的审批程序，并且符合法律规定。

实际适用角度

1. 综合计算工作制：通常适用于从事交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工等。它是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，某建筑企业与从事建筑施工的工人约定实行以季为周期的综合计算工时工作制，在一个季度内，工人总的工作时间不超过法定标准工作时间（一个季度按法定标准工作时间计算约为500小时左右，具体根据实际情况确定），就是合法的。
2. 计时工作制：这是最基本的工作制度，即按照工作时间来计算劳动报酬，一般适用于大多数常规岗位。比如办公室文员、普通销售人员等岗位，通常按照每天工作8小时，每周工作40小时的标准工时来计算工资。

如果合同中同时约定了这两种工时制度，但能够明确区分不同岗位或工作情形下分别适用哪种工时制度，并且对于实行综合计算工时工作制的岗位已经获得了劳动行政部门的审批，那么这种约定是合法有效的。例如，合同中约定生产部门的工人实行综合计算工时工作制，而行政部门的员工实行计时工作制，同时对生产部门工人的综合计算周期、工作时间限制等进行了明确规定，并且该生产部门实行综合计算工时工作制已经得到了审批。

违法情形及后果角度

如果合同中虽然约定了两种工时制度，但存在以下情况，则可能是违法的：

1. 未经过审批：对于实行综合计算工时工作制的岗位，没有经过劳动行政部门的审批，就直接在合同中约定实行该制度，这种约定是无效的。企业可能会面临劳动行政部门的处罚，同时也可能需要向劳动者支付加班工资等。
2. 未明确区分适用情形：合同中没有清晰说明哪些岗位或工作情形适用综合计算工作制，哪些适用计时工作制，导致在实际履行过程中产生争议，损害劳动者的合法权益。在这种情况下，一般倾向于保护劳动者的利益，企业可能需要承担不利的法律后果。

给你的建议：如果你所在的单位在合同中约定了这两种工时制度，你要仔细查看合同中对于不同工时制度的适用范围、审批情况等是否明确。如果存在疑问或认为单位的做法不合法，可以收集相关证据，如劳动合同、考勤记录等，向我进一步咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。