劳动合同中的工时工作制和综合计算工时工作制的区别主要在于它们的定义、适用范围、工作时间计算方式以及加班规定等方面。以下是详细解释：

1. 制度定义与核心特点：

   • 工时工作制（通常指标准工时制）：是法律规定的普遍适用的工时制度，适用于大多数行业和岗位。其核心特点是每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时（或依据具体法律规定可能为44小时），且用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
   • 综合计算工时制：是一种因工作性质特殊或受季节和自然条件限制而采用的工时制度。它以标准工作时间为基础，以一定的期限为周期（如周、月、季、年等）综合计算工作时间。虽然具体的工作日和时间长度可能因周期的不同而有所变化，但整个周期内的平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

2. 工作时间计算与周期：

   • 工时工作制：以天和周作为工作时间的计算单位，严格遵循每日不超过8小时、每周不超过40小时（或依据具体法律规定）的规定。
   • 综合计算工时制：采取以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的方式。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但整个周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间。

3. 适用范围与实施方式：

   • 工时工作制：普遍适用于大多数用人单位和工作岗位，除非有特殊情形，一般都应遵循标准工时制的规定。
   • 综合计算工时制：通常适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等因工作性质特殊需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。实施综合计算工时制需经过劳动行政部门的审批，用人单位应向劳动保障行政部门提出申请，报送相关材料，经批准后方可实施。

4. 加班认定与加班费计算：

   • 工时工作制：
     • 加班认定：在标准工作日以外延长工作时间、在休息日安排工作又不能安排补休的，以及在法定休假日安排工作的，均视为加班。
     • 加班费计算：工作日加班支付不低于工资的150%的加班费；休息日加班支付不低于工资的200%的加班费；法定节假日加班支付不低于工资的300%的加班费。
   • 综合计算工时制：
     • 加班认定：在综合计算周期内，总实际工作时间超过总法定标准工作时间的部分视为延长工作时间，需支付加班工资。法定休假日安排工作的，同样视为加班。
     • 加班费计算：延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬（关于休息日加班的加班费支付，可能根据具体地区的规定有所不同，需参照当地规定执行）。

综上所述，劳动合同中的工时工作制和综合计算工时工作制在多个方面存在显著差异。企业在选择工时制度时，应根据自身行业特点、岗位需求以及法律法规的规定来综合考虑，并确保合法合规地实施。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。