劳动合同中的综合工作制和标准工作制是两种不同的工时制度，它们在定义、适用范围、加班规定以及法律保障等方面存在显著差异。以下是对这两种工时制度的详细解释：
一、定义与适用范围
标准工作制：
- 定义：标准工作制，也称为标准工时制度，是由国家法律明确规定的，职工每日工作8小时、每周工作40小时的基本工时制度。
- 适用范围：这一制度通常适用于大多数行业和企业的一般性岗位，如办公室职员、行政人员、商场营业员（在正常排班情况下）等。它要求各用人单位和一般职工普遍实行，是保障劳动者休息权和身体健康，同时确保企业生产经营有序进行的重要制度。
综合工作制：
- 定义：综合工作制，也称为综合计算工时工作制，是一种针对特殊行业或岗位而设定的工时制度。它允许用人单位根据生产经营需要，在保障劳动者身体健康的前提下，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式，来安排劳动者的工作和休息。
- 适用范围：这一制度通常适用于因工作性质特殊，无法按标准工作时间衡量的岗位，如高级管理人员、外勤人员、长途运输人员、野外作业人员等。这些岗位的工作时间往往受到工作性质、生产特点或自然条件的限制，无法实行标准工作制。
二、加班规定
标准工作制：
- 加班限制：在标准工作制下，劳动者的工作时间相对固定，用人单位不得私自延长劳动者工作时间。若确需安排加班，必须依法与劳动者协商，并支付相应的加班费。
- 加班报酬：平日加班支付不低于工资的150%的工资报酬；周末加班若不能安排补休，则支付不低于工资的200%的工资报酬；法定节假日加班支付不低于工资的300%的工资报酬。
综合工作制：
- 加班计算：在综合工作制下，加班时间的计算是以周期为单位进行综合计算的。例如，若以周为周期，则一周内总工作时间超过40小时的部分视为加班；若以月为周期，则一月内总工作时间超过167.36小时（即40小时/周×4.184周/月，考虑到月份天数不同，实际计算时可能有所调整）的部分视为加班。
- 加班报酬：加班报酬的支付标准与标准工作制相同，即根据加班时间的长短和性质，支付不低于工资的150%、200%或300%的工资报酬。但需要注意的是，在综合工作制下，由于工作时间是综合计算的，因此可能存在某些周期内加班时间较多，而另一些周期内加班时间较少或没有加班的情况。
三、法律保障与争议解决
法律保障：
- 无论是标准工作制还是综合工作制，用人单位都必须遵守国家相关法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。若用人单位违反相关规定，随意延长工作时间或未支付加班费等，劳动者有权向劳动监察部门投诉举报。
- 劳动监察部门可责令用人单位改正违法行为，并处以罚款等行政处罚。同时，劳动者还可就加班工资等争议申请劳动仲裁或向法院提起诉讼。
争议解决：
- 在劳动争议解决过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的加班时间和加班报酬未得到支付或未得到足额支付。这些证据可以包括考勤记录、工资单、加班通知等。
- 用人单位则应提供相应的证据来反驳劳动者的主张或证明自己已依法支付了加班费等。若双方无法达成一致意见，则由劳动仲裁机构或法院根据相关法律法规和证据进行裁决。
四、劳动合同中的约定
在签订劳动合同时，双方应就工作时间、休息休假等条款进行明确约定。对于实行标准工作制的劳动者，合同中应明确每日工作时间、每周工作时间和每周休息时间等；对于实行综合工作制的劳动者，合同中应明确综合计算工作时间的周期、加班时间的计算方式和加班报酬的支付标准等。这样有助于明确双方的权利和义务，避免纠纷的发生。
综上所述，综合工作制和标准工作制在定义、适用范围、加班规定以及法律保障等方面存在显著差异。用人单位应根据自身生产经营特点和岗位性质选择合适的工时制度，并严格遵守国家相关法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。