综合工时制的劳动合同在符合法定条件的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的合法性基础
批准要求：
- 综合工时制并非用人单位可以随意采用的工时制度，它必须经过当地劳动行政部门的备案批准后方可实施。这是确保综合工时制合法性的首要条件。若未经批准而擅自采用，则视为违法。
加班费计算：
- 在综合工时制下，用人单位与劳动者约定的计薪周期内（如月、季度等），如果累计工作小时数超过标准工时（即每日8小时、每周40小时），超出部分应按照150%的日工资支付加班费。
- 若在法定节假日加班，则应按照300%的工资支付加班费。这一规定确保了劳动者在综合工时制下的加班权益得到保障。
二、综合工时制劳动合同的签订要点
明确合同主体信息：
- 劳动合同中应准确无误地填写用人单位和劳动者的基本信息，包括全称、法定代表人姓名、单位地址、联系电话以及劳动者的姓名、性别、身份证号码、家庭住址、联系电话等。
协商并确定合同内容：
- 合同期限：明确是固定期限、无固定期限还是以完成一定工作任务为期限。
- 工作内容与地点：详细描述工作岗位、职责及工作地点，或约定调整条件。
- 工作时间与休息休假：明确综合工时制及计薪周期，并约定休息休假权利，包括法定节假日、年假等。
- 劳动报酬：清晰列明工资构成（基本工资、绩效工资、加班工资等）及数额，约定支付方式（如银行转账）和支付时间，并明确加班工资的计算基数和方法。
- 社会保险与福利待遇：按照国家和地方政府规定缴纳社会保险，并约定其他福利待遇，如补充商业保险、带薪培训等。
起草、修改与签订合同：
- 劳动合同文本应由一方起草后交对方修改完善，直至双方达成一致。
- 双方对最终合同文本签字盖章后，各执一份原件，以确保合同的合法性和有效性。
三、综合工时制劳动合同的变更、解除与终止
- 合同变更：若需变更综合工时制劳动合同的内容，应明确变更条件和程序，并需双方协商一致后采用书面形式进行变更。
- 合同解除与终止：在解除或终止综合工时制劳动合同时，应遵守《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保合法合规。
四、法律建议与风险提示
- 法律遵循：用人单位在签订综合工时制劳动合同时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合同内容合法、公平、合理。
- 权益保护：劳动者在签订综合工时制劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。若发现用人单位存在违法行为或侵犯自己权益的情况，应及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，综合工时制的劳动合同在符合法定条件的情况下是合法的。用人单位在采用综合工时制时，应确保经过劳动行政部门的批准，并严格遵守相关法律法规的规定。劳动者在签订劳动合同时，也应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。