结论：综合工时制下每天工作12小时是否合法，需分情况讨论。在未经劳动行政部门批准或未满足特定条件的情况下，通常是不合法的；但在符合特定条件且经过批准的情况下，可能是合法的。
详细分析：
未经批准或不符合条件的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。
- 在综合工时制下，虽然允许在特定周期内（如周、月等）综合计算工作时间，但某一具体日的工作时间仍应受到合理限制。如果未经劳动行政部门批准，或者虽然经过批准但综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准，那么每天工作12小时就是不合法的。
- 法律后果：用人单位若违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
符合特定条件且经过批准的情况：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。在综合计算周期内，虽然某一具体日的实际工作时间可能超过8小时，但整个周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
- 在这种情况下，如果每天工作12小时是在综合计算周期内合理分配工作时间的结果，且整个周期内的总工作时间没有超过法定标准，那么这种安排可能是合法的。但需要注意的是，这种合法性是基于特定条件和批准的，且用人单位仍需确保劳动者的整体权益不受损害，如提供合理的补偿、调休等。
建议与行动：
- 对于劳动者：如果发现自己的工作时间超过了法定限制，且不符合上述任何特殊情况或特殊规定，那么有权与用人单位协商，要求其改正并支付相应的加班工资。如果协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间。在实行综合工时制时，需确保经过劳动行政部门的批准，并合理分配工作时间，避免超时工作的情况发生。同时，应提供合理的补偿和调休安排，确保劳动者的整体权益不受损害。
额外思考：
- 在实际操作中，综合工时制的实施需要严格的审批程序和监管机制。用人单位应确保所有工时安排都符合法律法规的要求，并保留好相关记录以备查验。
- 劳动者也应了解自己的权益和法律规定，在必要时采取适当的行动来保护自己。如果遇到工时纠纷或权益受损的情况，应及时寻求法律援助或咨询专业律师。
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