结论：合同中约定综合工时制下一个月仅休息两天，是否合法不能一概而论，需结合具体工时安排、是否获得审批以及是否保障劳动者休息权等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、综合工时制的定义与审批要求
综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。实行综合工时制必须经过劳动行政部门的审批，未经审批擅自实行的，属于违法行为。
二、综合工时制下的工作时间限制
根据《劳动法》及相关规定，综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（即每日8小时，每周40小时，每月约174小时，具体以实际月份天数计算为准），超过部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资报酬。在综合工时制下，即使一个月内休息两天，只要总工作时间未超过法定标准，且已获得审批，就是合法的。
三、休息权的保障
《劳动法》第三十八条规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。在综合工时制下，虽然可以灵活安排工作时间，但仍需保障劳动者的休息权。如果一个月内仅休息两天，且总工作时间远超法定标准，或者未获得综合工时制的审批，那么这种安排就是违法的。
四、具体案例分析
假设某企业实行综合工时制，并已获得劳动行政部门的审批。在某个月份中，该企业安排员工工作26天，每天工作8小时，总工作时间为208小时。虽然这个月员工仅休息了4天（假设该月有30天，实际休息天数可能因周末、节假日等因素有所不同，此处为简化计算），但由于总工作时间未超过月法定标准工作时间（约174小时）的法定上限（实际上，由于综合工时制可以跨周期计算，只要周期内总工时不超标即可，此处仅为说明问题而设定月上限）的常规理解（实际应看周期内总工时），且已获得审批，因此这种安排在法律上是可行的。但需注意，这里的208小时已经超过了月常规法定工作时间上限的直观理解（174小时），实际判断需依据具体审批的综合计算周期（如周、季、年）内的总工时是否超标。若以月为周期且未经特别审批允许月工时超标，则违法；若以季或年为周期，且季度或年度内总工时未超标，则可能合法。
更常见的合法情形是：在综合工时制下，企业可能根据生产需要，在某些月份安排较多的工作时间，而在其他月份安排较少的工作时间，只要保证在综合计算周期内（如一个季度或一年）的总工作时间不超过法定标准，且已获得审批，就是合法的。例如，一个季度内总工作时间不超过500小时（具体数值根据季度天数和每日8小时计算得出，此处为示例），且每月休息天数根据生产需要灵活安排，但保证员工有足够的休息时间。
五、建议与风险提示
对于劳动者：如果发现企业实行的综合工时制未获得审批，或者总工作时间远超法定标准，且休息权得不到保障，可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。
对于企业：在实行综合工时制时，务必确保已获得劳动行政部门的审批，并严格按照审批的内容执行。同时，要合理安排员工的工作时间和休息时间，保障员工的休息权，避免引发劳动纠纷。
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