结论：厂里将原本5天8小时的劳动合同改为实行综合计算工时工作制，是否合法需分情况讨论，关键在于是否满足法定条件并履行了相应程序。以下从不同角度为你详细分析：
一、综合计算工时工作制的合法性基础
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许企业根据生产特点，将职工的工作时间在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算，以平均达到标准工作时间（每日8小时，每周40小时）的制度。根据《劳动法》及相关规定，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。
二、实行综合计算工时工作制的合法条件
行业与岗位特性：
- 综合计算工时工作制通常适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业职工，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
- 若你的岗位并不属于这些特殊行业或岗位，且没有连续作业或受季节及自然条件限制的需求，那么厂里实行综合计算工时工作制可能缺乏合理性基础。
劳动行政部门批准：
- 实行综合计算工时工作制必须经过劳动行政部门的批准。这是法定程序，未经批准擅自实行的，属于违法行为。
- 你可以向厂里要求出示劳动行政部门的批准文件，以确认其实行综合计算工时工作制的合法性。
劳动合同变更或补充协议：
- 厂里在实行综合计算工时工作制前，应与你协商并变更劳动合同或签订补充协议，明确新的工时制度、工作时间、休息休假等事项。
- 若厂里未与你协商或未经你同意擅自变更工时制度，这违反了《劳动合同法》中关于劳动合同变更的规定，你有权拒绝并要求厂里继续履行原劳动合同。
三、若厂里实行综合计算工时工作制不合法，你的权益保护
与厂里协商：
- 你可以首先与厂里进行协商，要求其停止违法行为，继续履行原劳动合同或按照法定程序变更劳动合同。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，你可以向当地劳动行政部门投诉，要求其对厂里的违法行为进行查处，并恢复你的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求厂里支付因违法行为给你造成的损失（如加班费、经济补偿等），并确认其实行综合计算工时工作制的行为无效。
四、若厂里实行综合计算工时工作制合法，你的权益保障
确保工作时间不超标：
- 即使实行综合计算工时工作制，厂里也应确保你的平均工作时间不超过标准工作时间。若超过，厂里应支付加班费。
保障休息休假权利：
- 厂里应按照法律规定安排你休息休假，确保你的身心健康。
关注劳动合同变更或补充协议：
- 确保劳动合同或补充协议中明确约定了新的工时制度、工作时间、休息休假等事项，以维护你的合法权益。
建议：你可以先与厂里沟通，了解其实行综合计算工时工作制的具体原因和依据，并要求其出示劳动行政部门的批准文件。若厂里无法提供或你对其合法性有疑问，你可以进一步向劳动行政部门咨询或投诉。同时，你也可以保留相关证据，以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。