综合工时制下五天工作12小时是否合法，需分情况讨论：

1. 若未经劳动行政部门批准实行综合工时制：

   • 根据《劳动法》及相关规定，任何工时制度的实施均需经过劳动行政部门的批准。若用人单位未获批准而擅自实行综合工时制，并安排员工五天工作12小时，则此行为明显违法。员工有权向劳动监察部门投诉，并要求用人单位支付加班费及可能的其他补偿。

2. 若已获批准实行综合工时制，但未满足总工时限制：

   • 即便用人单位已获批准实行综合工时制，也需确保在一个特定周期（如周、月）内，员工的总工作时间不超过法定标准。以周为例，若标准工时为40小时，而员工五天工作12小时，则总工时为60小时，显然超过了法定标准。这种情况下，用人单位需支付加班费，加班费的具体计算方式依据《劳动法》第四十四条的规定，即工作日延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
   • 加班费计算公式：\(加班费 = 月工资 \div 21.75 \div 8 \times 加班小时数 \times 150\%\)（以月工资为基准，假设一个月工作21.75天，每天8小时为标准工时）。若五天共加班20小时（每天12小时-8小时标准工时），则加班费为\(月工资 \div 21.75 \div 8 \times 20 \times 150\%\)。

3. 若已获批准且满足总工时限制，但存在其他违法行为：

   • 即便用人单位已获批准实行综合工时制，且在一个周期内总工时未超过法定标准，但如果存在其他违法行为，如未与员工协商一致、未支付加班费、未提供必要的休息休假等，则仍然可能构成违法。例如，若用人单位单方面决定实行综合工时制，并未与员工进行协商，或未按照法律规定支付加班费，员工均有权向劳动监察部门投诉，并要求用人单位承担相应的法律责任。

法律建议：

• 对于员工而言，若发现用人单位存在违法实行综合工时制或未支付加班费等行为，应及时向劳动监察部门投诉，并保留好相关证据，如工作记录、工资单等，以便在维权时提供有力支持。
• 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保工时制度的合法性和合理性。在实行综合工时制前，应向劳动行政部门申请批准，并与员工进行充分协商，确保员工的合法权益不受损害。

可能法律后果：

• 若用人单位违法实行综合工时制或未支付加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，员工还有权要求用人单位支付加班费及可能的其他补偿，如经济补偿金等。

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