公司实行12小时综合工时制是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的违法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。在一般情况下，如果公司未经合法审批，直接实行12小时综合工时制，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。因为每日工作12小时明显超出了法定工作时间，侵犯了劳动者的休息权。
二、特殊情况下的合法性
综合计算工时工作制：
- 综合计算工时工作制是以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。
- 适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。
- 在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。
- 如果公司实行的是综合计算工时工作制，并且已经经过劳动行政部门的批准，那么在综合计算周期内，平均每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时，且保证了劳动者每周至少休息1日，这种12小时的工作制可能是合法的。但需注意，超过法定标准工作时间的部分，公司应依法支付加班工资。
依法延长工作时间：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 第四十二条规定了在自然灾害、事故等紧急情况下，延长工作时间不受上述限制。
- 在这些情况下，如果公司经过与工会和劳动者协商一致，或符合法律规定的特殊情形，并依法支付加班工资，那么安排劳动者工作12小时可能是合法的。但这种情况属于例外，且需要严格遵守法律规定的条件和程序。
三、劳动者权益保护
- 如果公司未经合法审批，擅自实行12小时综合工时制，且未依法支付加班工资，劳动者有权拒绝这种不合理的安排。
- 劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求公司改正违法行为并支付相应的加班工资及经济补偿。
- 若双方因加班工资等问题发生争议，劳动者可以通过劳动仲裁等途径维护自身合法权益。
建议：作为劳动者，在面对公司实行12小时综合工时制时，应首先了解公司是否已经经过劳动行政部门的批准，并核实自己的工作时间和加班工资是否符合法律规定。如果有疑问或发现违法行为，应及时与公司沟通或向相关部门投诉。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽力为您提供帮助。