公司实行十二小时工作制是否合法，需结合具体情况及国家相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
符合法律规定的情形
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的（即每日不超过8小时，每周不超过44小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 举例：若某公司因生产需要，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制，且在一个计算周期内（如一个月）的平均工作时间不超过法定上限，那么即使某天工作12小时，也是合法的。
平均工作时间合规：
- 在特殊工时制度下，单位需确保劳动者在一个计算周期内的平均工作时间不超过法定上限。以综合计算工时工作制为例，若劳动者在一个计算周期内的总工作时间未超过法定标准，即使某天工作12小时，也符合法律规定。
- 计算公式（以一个月为计算周期）：\(月平均工作时间 = \frac{月总工作时间}{月工作日数} \leq 44小时\)（假设月工作日数为22天，则月总工作时间应不超过\(44小时 \times 22天 \div 22天 = 44小时\)的日均标准，实际需根据具体周期和天数调整计算）。
休息休假保障：
- 用人单位还需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。
- 举例：若公司实行“上12小时休24小时”的轮班制度，且能确保劳动者每周至少休息一天，同时依法安排带薪年休假，那么这种工作制度在符合其他条件的情况下是合法的。
不符合法律规定的情形
未经审批擅自实施：
- 若单位未获得劳动行政部门的特殊工时制度审批，擅自实行十二小时工作制，即使平均工作时间未超标，也构成违法。
- 后果：用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等，同时劳动者有权要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
超时工作与加班违规：
- 在特殊工时制度下，若劳动者实际工作时间超过法定上限，或单位未依法安排补休、支付加班工资，同样违法。
- 加班工资计算：
- 平时加班：支付不低于工资的150%的报酬。
- 休息日加班又不能安排补休的：支付不低于工资的200%的报酬。
- 法定休假日加班的：支付不低于工资的300%的报酬。
- 举例：若公司未经审批实行十二小时工作制，且未支付加班费，劳动者有权要求公司支付加班费或向劳动监察部门投诉。
休息日与带薪年休假缺失：
- 若十二小时工作制的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障每周至少休息一天或享受带薪年休假，也违反法律规定。
- 后果：用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，同时劳动者有权要求用人单位安排补休或支付相应的补偿。
总结与建议
- 对于用人单位：在实行特殊工时制度前，应依法向劳动行政部门申请审批，并严格遵循法律法规关于工作时间、休息休假等方面的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 对于劳动者：如遇公司违法安排工作时间，应及时向劳动监察部门投诉举报或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。同时，劳动者也应了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施保护自己。
若您对公司的工作时间制度有疑问或认为自己的权益受到侵害，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。