公司实行上十二小时休十二小时的工作制度是否合法，需结合具体情况及国家相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
符合法律规定的情形
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的（即每日不超过8小时，每周不超过44小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 如果公司已经获得了劳动行政部门的特殊工时制度审批，并且实行的是综合计算工时工作制，那么在一个计算周期内（如一周、一个月等），只要劳动者的平均工作时间不超过法定上限，上十二小时休十二小时的工作制度可能是合法的。
平均工作时间合规：
- 在特殊工时制度下，公司需确保劳动者在一个计算周期内的平均工作时间不超过法定上限。以一周为例，如果劳动者上三天十二小时班，再休三天，这样在一周内的平均工作时间应不超过44小时，方为合法。
休息休假保障：
- 即使实行特殊工时制度，公司也需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。如果上十二小时休十二小时的工作制度能够保障这些权益，那么它可能是合法的。
不符合法律规定的情形
未经审批擅自实施：
- 如果公司未获得劳动行政部门的特殊工时制度审批，擅自实行上十二小时休十二小时的工作制度，即使平均工作时间未超标，也构成违法。
超时工作与加班违规：
- 在特殊工时制度下，如果劳动者实际工作时间超过法定上限，或者公司未依法安排补休、支付加班工资，那么这种工作制度就是违法的。根据《劳动法》第四十一条，一般每日加班不得超过一小时，特殊情况下也不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
休息日与带薪年休假缺失：
- 如果上十二小时休十二小时的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障每周至少休息一天或享受带薪年休假，那么这种工作制度也违反了法律规定。
法律建议与后果
对于公司：在实行特殊工时制度前，应首先明确本单位的工时制度类型，并依法向劳动行政部门申请审批。同时，需严格遵循法律法规关于工作时间、休息休假等方面的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。否则，公司可能面临劳动监察部门的处罚，以及劳动者的投诉和仲裁申请。
对于劳动者：如果发现公司的工作制度违反了法律规定，应及时向劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自身合法权益。在投诉或仲裁时，劳动者应提供充分的证据来证明公司的工作制度违法，如工作记录、考勤表等。
总结来说，公司实行上十二小时休十二小时的工作制度是否合法，取决于是否获得了劳动行政部门的特殊工时制度审批、是否保障了劳动者的平均工作时间和休息休假权利等因素。如果公司未经审批擅自实施或者违反了相关法律规定，那么这种工作制度就是违法的。劳动者在面对这种情况时，应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。