上十二小时歇十二小时的工作制度是否合法，需结合具体情况及国家相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度进行分析：
符合法律规定的情形
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的（即每日不超过8小时，每周不超过44小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 如果单位已经获得了劳动行政部门的特殊工时制度审批，并且“上十二小时歇十二小时”的工作制度符合审批内容，那么这种工作制度是合法的。
平均工作时间合规：
- 在特殊工时制度下，单位需确保劳动者在一个计算周期内（如一周、一月或一年）的平均工作时间不超过法定上限。以“上十二小时歇十二小时”为例，若此模式循环执行，且劳动者在一个计算周期内的平均工作时间未超过法定标准（如每周不超过44小时），则这种工作制度是合法的。
休息休假保障：
- 用人单位还需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。如果“上十二小时歇十二小时”的工作制度能够确保劳动者获得足够的休息和休假，那么这种工作制度也是合法的。
不符合法律规定的情形
未经审批擅自实施：
- 若单位未获得劳动行政部门的特殊工时制度审批，擅自实行“上十二小时歇十二小时”工作制度，即使平均工作时间未超标，也构成违法。因为这种工作制度未经法定程序审批，违反了劳动法的相关规定。
超时工作与加班违规：
- 在特殊工时制度下，若劳动者实际工作时间超过法定上限，或单位未依法安排补休、支付加班工资，同样违法。例如，如果劳动者在“上十二小时歇十二小时”的工作制度下，实际工作时间超过了每周44小时的标准，且单位未支付加班工资或安排补休，那么这种工作制度就是违法的。
休息日与带薪年休假缺失：
- 若“上十二小时歇十二小时”的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障每周至少休息一天或享受带薪年休假，也违反法律规定。因为劳动法明确规定了劳动者的休息休假权利，单位必须予以保障。
总结与建议
- 对于单位：在实行“上十二小时歇十二小时”工作制度前，应首先明确本单位的工时制度类型，并依法向劳动行政部门申请审批。同时，需严格遵循法律法规关于工作时间、休息休假等方面的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 对于劳动者：如遇单位违法安排工作时间，应及时向劳动监察部门投诉举报，维护自身合法权益。同时，劳动者也有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
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