公司上十二小时工作制是否合法，需结合具体情况及国家相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
符合法律规定的情形
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的（即每日不超过8小时，每周不超过44小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 举例：若某公司因生产需要，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制，且在一个计算周期内（如一个月）的平均工作时间不超过法定上限，那么即使某天工作12小时，也是合法的。
平均工作时间合规：
- 在特殊工时制度下，单位需确保劳动者在一个计算周期内的平均工作时间不超过法定上限。以综合计算工时工作制为例，若劳动者在一个月内的平均工作时间不超过176小时（即每周44小时，一个月按4周计算），则即使某天工作12小时，也是合法的。
休息休假保障：
- 用人单位还需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。
- 举例：若公司实行“上12小时休24小时”的轮班制度，且能确保劳动者每周至少休息一天，同时安排带薪年休假，那么这种工作制度在符合其他条件的情况下是合法的。
不符合法律规定的情形
未经审批擅自实施：
- 若单位未获得劳动行政部门的特殊工时制度审批，擅自实行十二小时工作制，即使平均工作时间未超标，也构成违法。
超时工作与加班违规：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 举例：若公司未经审批，且未与劳动者协商一致，擅自要求员工每天工作12小时，且未支付加班工资或安排补休，那么这种工作制度是违法的。
休息日与带薪年休假缺失：
- 若十二小时工作制的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障每周至少休息一天或享受带薪年休假，也违反法律规定。
法律建议
对于劳动者：
- 若发现公司的工作制度违反法律规定，有权拒绝超时工作，并要求公司支付加班工资或安排补休。
- 可与公司协商解决争议，协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的法律规定，确保工时安排的合法性和合理性。
- 若需实行特殊工时制度，应依法向劳动行政部门申请审批，并确保劳动者的平均工作时间、休息休假等权益不受侵害。
总结：公司上十二小时工作制是否合法，取决于是否获得劳动行政部门的审批、是否确保劳动者的平均工作时间和休息休假权益不受侵害。若不符合这些条件，则可能构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。