结论：公司安排员工每天上班12小时是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下，这种安排违反了《中华人民共和国劳动法》关于工作时间的规定，是违法的。但在特定情况下，如经过合法审批的特殊工时制度或依法延长工作时间，则可能不构成违法。
一、一般情况下的违法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。因此，如果公司安排员工每天上班12小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。
二、特殊情况下的合法性
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 在这些特殊工时制度下，如果公司能够确保劳动者在一个计算周期内（如一周、一月或一年）的平均工作时间不超过法定上限，并且已经获得了劳动行政部门的批准，那么安排员工每天上班12小时可能是合法的。但需注意，即使在这种制度下，公司也需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。
依法延长工作时间：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 在这些情况下，如果公司能够与工会和劳动者协商一致，并依法支付加班工资，那么安排员工每天上班12小时（在特殊原因下且每日不超过3小时延长的情况下）可能是合法的。但需注意，这种延长工作时间的情况必须严格遵守法律规定的限制，并且不得损害劳动者的身体健康。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
- 在这些紧急情况下，公司安排员工每天上班12小时可能是合法的，但需确保劳动者的身体健康和安全，并尽快恢复正常的工作时间安排。
三、劳动者权益保护
- 如果公司违反规定强制员工加班，员工有权拒绝。
- 若公司安排加班不支付加班费，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
- 员工在面对公司的不合理安排时，应了解自己的权益和法律途径，积极维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司安排员工每天上班12小时是否合法，需根据具体情况和法律规定进行综合判断。在任何情况下，公司都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。对于员工而言，如果遇到公司违法安排工作时间的情况，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。