公司规定上12小时班是否合法，需结合具体情况及国家相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
符合法律规定的情形
特殊工时制度审批：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的（即每日不超过8小时，每周不超过44小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制或不定时工作制。
- 如果公司已经获得了劳动行政部门的特殊工时制度审批，并且确保劳动者在一个计算周期内（如一周）的平均工作时间不超过法定上限，那么上12小时班可能是合法的。但需注意，即使获得审批，也需保证劳动者每周至少休息一日，以及享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。
加班程序合规：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 如果公司因生产经营需要，且已经履行了法定加班程序（如与工会和劳动者协商），并支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么上12小时班（包含加班时间）也可能是合法的。但这种情况下的12小时工作制应视为特殊情况下的临时安排，而非长期制度。
不符合法律规定的情形
未经审批擅自实施：
- 如果公司未获得劳动行政部门的特殊工时制度审批，擅自实行上12小时班的工作制度，即使平均工作时间未超标，也构成违法。
超时工作与加班违规：
- 如果公司未依法安排补休或支付加班工资，或者劳动者实际工作时间超过了法定上限（如每日超过三小时加班，或每月超过三十六小时加班），那么上12小时班就是违法的。
休息日与带薪年休假缺失：
- 如果上12小时班的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障每周至少休息一天或享受带薪年休假，也违反了法律规定。
劳动者权益保护建议
- 了解自身权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括每日工作时间、每周工作时间、加班工资支付标准等。
- 拒绝违法安排：如果公司违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，劳动者有权拒绝这样的工作安排。
- 要求补偿：劳动者有权要求公司支付加班费或进行相应的补偿。
- 投诉与仲裁：如果与公司协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
总结来说，公司规定上12小时班是否合法，取决于是否获得了劳动行政部门的特殊工时制度审批、是否履行了法定加班程序并支付了相应的加班工资、以及是否保障了劳动者的休息休假权利。如果公司违反了相关法律法规，劳动者应积极维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。