综合工时制下的12小时工作制是否违反《劳动法》，需结合具体审批程序、加班时长限制及加班费支付情况综合判断。在未经合法审批或超出法定加班时长限制的情况下，12小时工作制通常违反《劳动法》；但在符合综合计算工时工作制审批要求且依法支付加班费的情况下，可能不违法。以下从不同角度详细分析：
一、标准工时制下的判断
法定工作时间限制：
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制下的基本工作时间限制。
- 若企业实行标准工时制，却安排员工每天工作12小时，且未经过合法的加班审批程序，也未支付相应加班费，则明显违反了《劳动法》的规定。
加班时长限制：
- 即使企业因生产经营需要安排加班，根据《劳动法》第四十一条，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 因此，在标准工时制下，未经合法审批的12小时工作制，即使包含加班时间，也往往超出了法定加班时长限制，构成违法。
二、综合计算工时工作制下的考量
特殊工时制的适用：
- 对于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业的企业，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。
- 在综合计算工时工作制下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
12小时工作制的合法性：
- 在综合计算工时工作制下，如果计算周期内总工作时间未超过法定标准工作时间（如以周为周期，一周内总工作时长未超过40小时），且依法支付了加班费，那么安排员工每天工作12小时（在特定周期内）可能不违法。
- 但需注意，即使实行综合计算工时工作制，企业也需确保员工的休息休假权利，避免连续长时间工作对员工身体健康造成损害。
三、加班费的支付规定
- 无论实行何种工时制度，只要企业安排员工延长工作时间，就需按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费。具体标准为：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 若企业未依法支付加班费，即使实行综合计算工时工作制，12小时工作制也可能构成违法。
四、劳动者权益保护建议
了解自身权益：
- 劳动者应了解自己的工作时间权益和加班费支付标准，对于违反劳动法的工作时间要求有权拒绝。
与企业沟通：
- 若发现企业安排的工作时间超出法定标准或未支付加班费，劳动者应首先与企业沟通，寻求合理解决方案。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，劳动者可向当地劳动保障部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，综合工时制下的12小时工作制是否违法需结合具体审批程序、加班时长限制及加班费支付情况综合判断。劳动者应了解自己的权益并积极维护，必要时可寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。