“综合工时12小时两班倒”是否合法，需根据具体工时制度、工作安排及是否依法支付加班费等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、标准工时制下的合法性
法定工作时间限制：
- 根据《劳动法》及相关规定，标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，每周不超过40小时（或平均每周不超过44小时）。
- 若用人单位未经批准，擅自实行“12小时两班倒”，导致劳动者工作时间超出法定标准，则构成违法。
休息休假权利：
- 用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若“12小时两班倒”导致劳动者无法享受这一基本休息权利，也构成违法。
二、综合计算工时工作制下的合法性
审批程序：
- 对于因生产特点不能实行标准工时制的岗位，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。
- 若用人单位已依法获得批准，并按照规定周期（如月、季、年）综合计算工作时间，且周期内总实际工作时间未超过总法定标准工作时间（如月周期内约为176小时），则“12小时两班倒”在综合计算周期内可能是合法的。
加班费支付：
- 若周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。
- 若用人单位未依法支付加班费，则即使实行综合计算工时工作制，也可能构成违法。
三、不定时工作制下的合法性
无固定上下班时间限制：
- 在不定时工作制下，无固定的上下班时间限制，因此单纯的“12小时两班倒”不能直接认定违法。
休息休假保障：
- 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，不得因实行不定时工作制而剥夺劳动者的基本休息权利。
四、特殊情况下的延长工作时间
- 即使因生产经营需要延长工作时间，也必须遵守每日不得超过三小时、特殊原因下不得超过六小时（但实际操作中通常理解为每日不得超过三小时，特殊情况需严格限制），以及每月累计加班时长不得超过三十六小时的规定。
- 若“12小时两班倒”导致劳动者每日工作时间远超这一限制，且未获得必要审批或未依法支付加班费，则构成违法。
五、法律后果与建议
法律后果：
- 若用人单位违反《劳动法》及相关规定，实行违法的“12小时两班倒”工作制，可能面临行政处罚（如警告、罚款）、民事赔偿（如支付加班费、经济补偿金）等法律后果。
建议：
- 对于用人单位来说，应仔细评估是否符合实行特殊工时制度的条件，并确保获得必要的审批。同时，应合理安排劳动者的工作时间和休息休假，依法支付加班费。
- 对于劳动者来说，应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损（如未获得加班费、休息休假权利被剥夺等），应及时向用人单位提出异议或向当地劳动监察部门投诉。
综上所述，“综合工时12小时两班倒”的合法性取决于多个因素的综合考量。若您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。