综合工时制下12小时两班倒是否合理，需结合具体情况判断，但通常若未依法安排补休或支付加班费，则可能违法。以下从不同角度详细分析：
一、综合工时制的基本规定
综合计算工时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。其特点是以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
二、12小时两班倒的合法性分析
工作时间方面：
- 在综合计算工时工作制下，如果企业能够确保在一个综合计算周期内（如一个月），劳动者的总工作时间不超过法定标准（即月工作时间不超过176小时，以每周44小时、每月4周计算），那么每天工作12小时，在周期内是可能合法的，前提是其他天数的工作时间相应减少，以平衡总工时。
- 但若企业长期实行12小时两班倒，且未在一个综合计算周期内平衡总工时，导致劳动者总工作时间超标，则构成违法。
休息休假方面：
- 即使实行综合计算工时工作制，企业也应保证劳动者每周至少休息一日。若12小时两班倒导致劳动者连续工作无休息日，则违反了这一规定。
加班费支付方面：
- 若劳动者的工作时间超过了法定标准，企业必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。具体为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。
- 若企业未依法支付加班费，则即使实行综合计算工时工作制，12小时两班倒也是违法的。
三、特殊情况下的考虑
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行更为灵活的工时制度。但这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施。
- 即使在这些特殊行业或岗位，企业也应尽量合理安排劳动者的工作和休息时间，避免长时间连续工作对劳动者身心健康造成损害。
四、法律建议
- 对于企业：在实行综合计算工时工作制或任何其他特殊工时制度前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，应合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者的身心健康和合法权益。
- 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损（如长时间连续工作、未支付加班费等），应及时向企业提出异议或向当地劳动监察部门投诉，以维护自身合法权益。
综上所述，综合工时制下12小时两班倒是否合理，需结合具体情况判断。但无论如何，企业都应遵守劳动法的相关规定，保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。