“两班倒”工作制（即每天工作12小时）的合法性需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资及审批程序等多个方面。以下是详细分析：
合法情形
综合计算工时工作制下的合法性：
- 对于需要实行综合计算工时工作制的岗位，如因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准后，可以实行综合计算工时工作制。在此制度下，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。
- 如果“两班倒”工作制在综合计算周期内（如月、季度等）确保劳动者的总工作时间未超过法定标准，并且合理安排了补休，那么这种工作制在工作时间方面是合法的。但超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。
特殊行业或岗位的合法性：
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，由于工作性质的特殊性，可能需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施。
- 在这些特殊行业或岗位中，如果“两班倒”工作制已经获得了相关部门的审批，并且符合劳动法的相关规定，那么它是合法的。
不合法情形
超出法定工时且未获审批：
- 如果用人单位未经批准，擅自实行“两班倒”工作制，导致劳动者的工作时间远远超过法定标准（每日8小时，每周44小时或40小时，具体取决于执行的是《劳动法》还是《国务院关于职工工作时间的规定》），且未安排补休或支付加班工资，这种情况是违法的。
未保障劳动者休息权利：
- 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若企业未遵守这一规定，即使实行了“两班倒”工作制，也是不合法的。
违反加班时长限制：
- 即使因生产经营需要延长工作时间，也必须遵守每日不得超过三小时、特殊原因下不得超过六小时，以及每月累计加班时长不得超过三十六小时的规定。若“两班倒”工作制导致加班时长超过这些限制，则构成违法。
法律后果与建议
- 法律后果：如果用人单位违反劳动法的规定，实行违法的“两班倒”工作制，可能面临行政处罚（如警告、罚款）、民事赔偿（如支付加班费、经济补偿金）等法律后果。在极端情况下，如果用人单位的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员还可能承担刑事责任。
- 建议：对于企业来说，在实行“两班倒”工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，应合理安排劳动者的工作时间和休息休假，确保劳动者的身体健康和合法权益。对于劳动者来说，应密切关注自己的工作时间和权益保障情况，如有疑问或发现权益受损，应及时向用人单位提出异议或向相关部门投诉。
综上所述，“两班倒”工作制的合法性取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。