“两班12小时”的工作制是否合法，需结合具体工时制度、工作安排及加班费支付情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、标准工时制下的合法性
法定工作时间限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十小时的工时制度。
- “两班12小时”的工作制明显超出了每日八小时的工作时间限制，若未经法定程序（如与工会和劳动者协商）擅自实行，则构成违法。
延长工作时间的限制：
- 即使经过协商同意延长工作时间，根据《劳动法》第四十一条，一般每日也不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- “两班12小时”很可能导致员工每日工作时间远超这一限制，且每月加班时长也极易超过三十六小时，因此构成违法。
二、特殊工时制下的合法性
综合计算工时工作制：
- 对于因生产特点不能实行标准工时制的岗位，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。
- 在综合计算周期内（如月、季度等），若劳动者的总工作时间未超过法定标准（如以月为周期，约为176小时），且合理安排了补休，则“两班12小时”的工作制在工作时间方面是合法的。但超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。
不定时工作制：
- 不定时工作制下无固定上下班时间限制，因此单纯的“两班12小时”不能直接认定违法。
- 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，如保证劳动者每周至少休息一日。若未保障，则构成违法。
三、加班费支付情况
- 无论何种工时制度，若用人单位安排劳动者延长工作时间，均需依法支付加班费：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 若用人单位未依法支付加班费，则“两班12小时”的工作制构成违法。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 若用人单位违反《劳动法》的规定，实行“两班12小时”的工作制，可能面临行政处罚（如警告、罚款）、民事赔偿（如支付加班费、经济补偿金）等法律后果。
- 在极端情况下，如果用人单位的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员可能承担刑事责任。
建议：
- 对于企业来说，实行“两班12小时”的工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，应合理安排补休和支付加班费，以保障劳动者的合法权益。
- 对于劳动者来说，应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损，应及时向我咨询以维护自身合法权益。
综上所述，“两班12小时”的工作制是否合法需根据具体情况综合判断。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。