结论：工厂两班倒工作十二小时，却只算三小时加班，这种做法通常是不合理的。下面我将从多个角度为您详细分析。
法律角度分析
加班时间的计算：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。超出部分应视为加班。
- 在您描述的情况下，工厂实行两班倒，每班工作12小时，那么每日工作时间明显超过了8小时的标准工作时间，超出部分应计算为加班时间。
加班工资的支付：
- 加班工资的计算通常基于劳动者的小时工资标准，并按照一定的比例（如150%、200%、300%）支付，具体取决于加班的时间段（如工作日、休息日、法定节假日）。
- 如果工厂只计算3小时加班，而实际上劳动者工作了更长的加班时间，那么工厂就未按照法律规定支付足额的加班工资。
实际情况分析
工厂可能存在的违规行为：
- 工厂可能通过不合理的排班制度或工资计算方式，来规避支付加班工资的责任。
- 这种行为不仅损害了劳动者的合法权益，也违反了劳动法律法规的规定。
劳动者的权益保护：
- 劳动者有权要求工厂按照法律规定支付加班工资，并有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、工资单等，以便在需要时提供证明。
建议与措施
与工厂协商：
- 首先，您可以尝试与工厂进行协商，明确表达您的诉求和依据，要求工厂按照法律规定支付加班工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，提供相关证据和情况说明，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果未能满足您的诉求，您还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设您的小时工资为20元，按照法律规定，工作日加班应支付150%的工资，即每小时30元。如果您实际加班了4小时（而非工厂计算的3小时），那么工厂应支付您120元的加班工资（4小时×30元/小时）。如果工厂只支付了90元（3小时×30元/小时），那么就未足额支付加班工资。
综上所述，工厂两班倒工作十二小时，却只算三小时加班的做法是不合理的。您有权要求工厂按照法律规定支付加班工资，并可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。