关于工厂十二小时工作制是否算加班的问题，结论如下：
一般情况下，十二小时工作制超出法定工作时间的部分应算作加班：
- 根据我国《劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 因此，如果工厂实行的是十二小时工作制，且没有与工会和劳动者协商一致，或者超出了每月三十六小时的加班上限，那么超出法定工作时间的部分就应算作加班，工厂需要按照法律规定支付加班费。
特殊情况下，十二小时工作制可能不算加班：
- 如果工厂与工会和劳动者协商一致，且符合《劳动法》中关于延长工作时间的规定（即每日不超过三小时，每月不超过三十六小时），那么十二小时工作制中超出法定工作时间的部分可能不被视为加班，但这需要具体看协商的内容和实际情况。
- 另外，对于某些特殊行业或岗位，如医疗、交通等，可能存在不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些情况下，十二小时工作制是否算作加班，需要根据具体的工时制度和相关规定来判断。
法律建议：
- 如果您认为工厂的十二小时工作制违反了法律规定，或者您没有得到应有的加班费，建议您先与工厂进行沟通协商，要求工厂按照法律规定支付加班费或调整工作时间。
- 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果工厂违反了《劳动法》中关于工作时间和加班费的规定，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，您作为劳动者也有权要求工厂支付加班费或调整工作时间，如果工厂拒绝履行义务，您可以通过法律途径来维护自己的权益。
希望以上回答能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。