综合工时制下的三班两倒工作制是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从几个关键角度进行分析：
工作时间安排：
- 综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合工时制下，只要平均日工作时间和平均周工作时间不超出法定标准（即每日不超过8小时，每周不超过44小时，且保证劳动者每周至少休息1天），三班两倒的排班方式通常是合法的。
- 例如，若三班两倒的排班能确保员工在每个周期内（如一个月）的平均工作时间不超过法定标准，并且员工有足够的休息时间，那么这种工作模式就是合法的。
加班及报酬支付：
- 在综合工时制下，若因工作需要安排员工加班，包括因三班两倒导致的加班，用人单位必须依法支付加班工资。具体标准与标准工时制下的加班工资支付标准相同：平时加班支付不低于工资的150%；休息日加班且不能安排补休的，支付不低于工资的200%；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%。
- 若用人单位未按规定支付加班工资，员工有权要求补足，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
劳动安全与健康保障：
- 无论采用何种工作模式，用人单位都必须为劳动者提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品。对于从事有职业危害作业的劳动者，还应定期进行健康检查。
- 在实行三班两倒的工作制时，用人单位应特别关注员工的劳动安全与健康保障，确保工作环境的安全，为员工配备必要的防护用具，并定期组织职业健康体检。
特殊行业或岗位的特殊规定：
- 对于某些特殊行业或岗位，如化工、冶金等，可能因生产特点不能实行标准工时制。在这些情况下，企业可根据《劳动法》的相关规定，经劳动行政部门批准后实行其他工作和休息办法，包括综合工时制下的三班两倒。但即便如此，也必须确保工作时间的合理安排、加班工资的依法支付以及劳动安全与健康保障的充分落实。
总结与建议：
- 综合工时制下的三班两倒工作制是否违法，关键在于其具体实施方式是否符合劳动法的相关规定。用人单位在实施这种工作制时，应严格遵守法律法规，确保工作时间的合理安排、加班工资的依法支付以及劳动安全与健康保障的充分落实。
- 若您对所在单位的三班两倒工作制存在疑问或担忧，建议首先与用人单位沟通协商，了解具体的工作时间安排、加班工资支付情况以及劳动安全与健康保障措施。若协商无果或发现用人单位存在违法行为，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
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