结论：综合工时制下，将12小时工作时间算作11小时是否合法，不能一概而论，需要结合具体的工时制度安排、加班规定以及是否支付了相应的加班费等因素来综合判断。

分析：

1. 综合工时制的基本概念：

   • 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）将工作时间进行平均计算，以判断是否超过了法定的工作时间标准。
   • 在综合工时制下，劳动者的工作时间可能并不均匀分布在每一天，但只要在综合计算周期内总的工作时间不超过法定标准，就不视为加班。

2. 12小时工作时间算作11小时的合法性判断：

   • 如果12小时是正常工作时间：在综合工时制下，如果企业与劳动者约定或规章制度规定，某一天或某一段时间的正常工作时间为12小时，并且这一安排在综合计算周期内总的工作时间未超过法定标准，同时企业也按照法律规定支付了相应的工资（包括可能的加班费，如果这12小时中有部分时间属于加班），那么将12小时工作时间算作（在综合计算意义上的）“正常”工作时间（这里“算作11小时”的表述可能产生误导，实际应关注总工时是否超标）并不直接违反法律。但关键在于，这种安排必须合法合规，且劳动者对此有明确知晓并同意。
   • 如果12小时中包含加班时间：若12小时中有部分时间超出了正常工作时间（如每日8小时或每周40小时的标准），则超出部分应视为加班。此时，企业应按照法律规定支付加班费。如果企业试图通过某种方式（如将12小时算作11小时）来规避支付加班费的义务，那么这种行为是违法的。

3. 加班费支付规定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班费应按照不低于劳动者正常工作时间工资的150%（工作日加班）、200%（休息日加班且未安排补休）或300%（法定节假日加班）的标准支付。
   • 如果企业未按照这些标准支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

4. 实际操作建议：

   • 对于劳动者而言，应仔细了解自己的工时制度安排，包括正常工作时间、加班时间以及加班费的支付标准等。
   • 如果发现企业存在违法违规行为（如未支付加班费、擅自改变工时制度等），应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于企业而言，应严格遵守劳动法律法规，合理安排劳动者的工作时间，并确保按时足额支付加班费等劳动报酬。

总结与建议：

• 综合工时制下，将12小时工作时间算作（在综合计算意义上的）“正常”工作时间（而非直接“算作11小时”这一表述所可能引发的误解）的合法性取决于多种因素，包括工时制度安排、加班规定以及加班费支付情况等。
• 劳动者应关注自己的工时和报酬情况，确保自身权益不受侵害。
• 企业应遵守劳动法律法规，合理安排工作时间并支付加班费等劳动报酬。

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