结论：在大多数情况下，公司按综合工时制计算，将包含上班12小时给11小时工资的做法是不合法的。
分析如下：
违反实际工时计算原则：
- 无论公司实行何种工时制度，工作时间都应按照实际的工作时长来准确计算和记录。将12小时的工作时间算作11小时，显然是对实际工作时间的歪曲，违反了工时计算的准确性和公正性。这种做法不仅损害了劳动者的合法权益，也违反了相关法律法规的规定。
可能导致超时工作无补偿：
- 在综合工时制下，虽然单日工作时间可能超过8小时，但整个计算周期内的总工作时间必须严格控制，不得超过法定标准。如果公司将12小时算作11小时，可能会导致劳动者在不知情的情况下超时工作，而公司却未依法支付加班费或提供其他形式的补偿。这严重侵犯了劳动者的合法权益，因此是不合法的。
未经协商或损害劳动者权益：
- 如果公司单方面决定将12小时工作时间算作11小时，没有与劳动者进行协商并取得劳动者的同意，这种做法违反了劳动合同法中关于变更劳动合同内容需双方协商一致的规定。同时，如果这种折算导致劳动者工资收入降低、休息休假权益受到影响等，更是对劳动者权益的直接损害，同样是不合法的。
特殊情况探讨：
- 尽管上述分析指出了将12小时工作时间算作11小时的不合法性，但也存在一些特殊情况下的合法探讨空间，不过这种情况非常罕见。例如，如果公司与劳动者在劳动合同中明确约定了工时折算方式，并且这种约定是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，同时公司在工资待遇、福利或调休等方面给予了劳动者合理的补偿，确保劳动者的整体权益不受损害，那么这种约定在一定程度上可能被认定为合法。但即便如此，也需要严格审查以确保不违反相关法律法规和劳动者权益保护的原则。
建议：
- 对于劳动者而言，如果发现公司存在将12小时工作时间算作11小时的情况，应及时向公司提出异议，并要求公司按照实际工作时间支付工资和加班费。如果公司拒绝改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规的规定，确保工时的准确计算和劳动者权益的有效保障。如果确实需要实行综合工时制或其他特殊工时制度，应事先与劳动者进行协商并取得劳动者的同意，同时按照法律法规的规定进行审批和备案。
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