结论：上班12小时却只算11小时的工资，这一做法是否违法，需根据具体情况来判断。在一般情况下，这种做法是违法的；但在特定情况下，如经过合法审批的特殊工时制度或依法延长工作时间，并确保劳动者权益得到保障，则可能不构成违法。不过，无论何种情况，用人单位都应按照劳动者实际工作时间支付工资，不得少算或克扣。
一、一般情况
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度，同时用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。如果用人单位安排劳动者每天上班12小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，那么这种做法显然是违法的。在此情况下，用人单位不仅应支付劳动者正常工作时间的工资，还应按照法律规定支付加班工资。
二、特殊情况
不定时工作制：
- 适用于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等。
- 在此制度下，上班12小时不一定违法，但用人单位需采用集中工作、集中休息、轮休调休等方式确保职工休息休假权利，并且应按照劳动者实际工作时间支付工资。
综合计算工时工作制：
- 适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。
- 在此制度下，虽然以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。如果某一日实际工作时间超过8小时，但总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，且用人单位已依法支付加班工资，则可能不构成违法。然而，无论如何，用人单位都应按照劳动者实际工作时间支付工资，不得少算。
依法延长工作时间：
- 根据《劳动法》的相关规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，但有一定限制。
- 在这些情况下，如果用人单位与工会和劳动者协商一致，或符合法律规定的特殊情形，并依法支付加班工资，则安排劳动者上班12小时可能是合法的。但同样，用人单位应按照劳动者实际工作时间支付工资。
三、劳动者权益保护及工资计算
- 如果用人单位违反规定强制劳动者加班且少算工资，劳动者有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
- 工资计算公式（以加班工资为例）：
- 工作日加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 150%
- 休息日加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 200%（若未安排补休）
- 法定节假日加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 300%
说明：这里的月工资基数通常指劳动者与用人单位约定的正常工作时间下的月工资，21.75天是月平均计薪天数。用人单位应按照这些公式计算并支付加班工资，不得少算或克扣。
四、建议
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位存在少算工资或违法延长工作时间的情况，应及时与用人单位沟通协商，要求按照法律规定支付工资和加班费。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总之，无论何种情况，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。对于特殊行业或情况下的工作时间安排，需经过合法审批并采取相应的保障措施，同时按照劳动者实际工作时间支付工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。