综合工时制的员工每天上班11小时是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、综合工时制的基本概念
综合工时制是一种特殊的工作时间安排制度，它允许员工在某些工作日内工作超过标准工时的8小时，但在一个特定的周期（如周、月、季、年等）内，其总工作时间不应超过该周期内标准工时制的总工作时间。这种制度的实施必须经过劳动行政部门的批准，且需确保劳动者的休息休假权利。
二、合法情形分析
周期内总工时未超标：
- 在综合工时制下，如果员工在一个计算周期内（如一个月）的总工作时间未超过法定标准（即平均每日工作时间和平均每周工作时间应与法定标准工作时间基本相同），那么即使某天工作了11小时，也不构成违法。但需注意，这并不意味着可以随意安排员工长时间工作，仍需确保员工有必要的休息和睡眠时间。
已支付加班费：
- 如果员工在综合工时制下某天工作了11小时，且这超出了该周期内的平均每日工作时间，那么超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。加班费的标准通常为平时加班的150%、周末加班的200%、法定节假日加班的300%。如果用人单位已按此标准支付了加班费，那么这种安排在一定程度上是合法的。
三、违法情形分析
周期内总工时超标且未支付加班费：
- 如果员工在一个计算周期内的总工作时间超过了法定标准，且用人单位未依法支付加班费，那么这种安排就是违法的。员工有权要求用人单位支付加班费，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
未经劳动部门审批：
- 综合工时制的实施必须经过劳动行政部门的批准。如果用人单位未经批准就擅自实行综合工时制，并安排员工每天工作11小时，那么这种安排也是违法的。
损害劳动者健康：
- 无论哪种工时制，都必须确保劳动者有必要的休息和睡眠时间。如果用人单位安排员工每天工作11小时，且这种安排严重损害了劳动者的身体健康，那么这种安排同样是违法的。
四、实际应用指导
- 劳动者权益保护：作为劳动者，应了解自己的工时制度，并关注自己的工作时间和加班费支付情况。如认为自身权益受到侵害，可与用人单位协商，要求调整工作时间或支付加班费。
- 投诉与仲裁：协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或仲裁时，应提供相关证据，如工作记录、加班费支付记录等。
- 用人单位责任：作为用人单位，应严格遵守相关法律法规，合理安排工作时间，确保劳动者的休息和睡眠权利，并按时支付加班费。同时，应积极与劳动者沟通，共同维护和谐的劳动关系。
总结来说，综合工时制的员工每天上班11小时是否合法，需结合周期内总工时是否超标、是否已支付加班费、是否经过劳动部门审批以及是否损害劳动者健康等多个因素来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。