综合工时制下每天工作12小时是否合法，需分情况讨论：
未经审批的综合工时制下，每天工作12小时不合法
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制的基本要求，适用于大多数劳动者。
- 在未经劳动行政部门批准实行综合工时制的情况下，企业要求劳动者每天工作12小时，显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。劳动者有权拒绝这种超时工作安排，并可以向劳动行政部门投诉，要求企业改正并支付相应的加班工资。
经审批的综合工时制下，每天工作12小时的合法性需具体分析
- 综合工时制是一种特殊的工作时间安排制度，它允许员工在某些工作日内工作超过标准工时的8小时，但在一个特定的周期（如周、月等）内，其总工作时间不应超过该周期内标准工时制的总工作时间。这种制度的实施必须经过劳动行政部门的批准。
- 若综合计算周期内总工作时间未超标：在综合工时制下，如果某一具体日的工作时间超过8小时，但整个综合计算周期内的总工作时间未超过法定标准，且企业已依法支付加班工资或安排调休，那么这种安排可能是合法的。但需注意，即使周期内总时间未超标，单日工作时间过长也可能对劳动者的身体健康造成影响，企业应尽量避免。
- 若综合计算周期内总工作时间超标：如果综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准，即使企业已支付加班工资或安排调休，这种安排也是违法的。因为综合工时制的核心在于控制总工作时间，而非单日工作时间。
特殊情况下的合法性探讨
- 在某些特殊情况下，如自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
法律建议：
- 对于劳动者：如果发现自己的工作时间超过了法定限制，且不符合综合工时制的特殊规定，有权与用人单位协商要求改正并支付加班工资。如果协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于企业：应严格遵守法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间。如需实行综合工时制或不定时工作制，应提前向劳动行政部门申请并获得批准。同时，应确保在综合计算周期内总工作时间不超过法定标准，并依法支付加班工资或安排调休。
可能后果：
- 如果企业违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。
- 同时，劳动者有权要求企业支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。如果企业未按时足额支付劳动报酬或加班费，还可能面临更严重的法律责任。
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