综合工时制下每日工作12小时是否违法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、综合工时制的基本规定
综合工时制是以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的工时制度。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，实行综合工时制的用人单位，其平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同，即每日不超过8小时、每周不超过44小时。在综合计算周期内，某一日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分需按加班处理并支付加班工资。
二、每日工作12小时的合法性分析
在综合计算周期内未超总工时：
- 如果在综合计算周期内（如一个月），劳动者的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间（如一个月约为167小时），且用人单位已依法支付加班工资，那么每日工作12小时在特定日期内是合法的。但这种情况较为特殊，需要精确计算总工时，并确保符合法律规定。
在综合计算周期内超总工时：
- 如果在综合计算周期内，劳动者的总实际工作时间超过了总法定标准工作时间，那么即使某一日工作12小时是出于生产需要，也构成违法。用人单位需依法支付加班工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。
未依法审批或支付加班工资：
- 实行综合工时制需经过劳动行政部门的审批。如果用人单位未经审批擅自实行综合工时制，或者虽经审批但未依法支付加班工资，那么每日工作12小时也是违法的。
三、特殊情况下的考虑
紧急情况下的加班：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十二条，在自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
劳动者自愿加班：
- 即使劳动者自愿加班，用人单位也需确保加班时间不超过法定限制，并依法支付加班工资。劳动者自愿加班不能成为用人单位违法安排工作时间的理由。
四、法律后果与劳动者权益保护
用人单位的法律责任：
- 如果用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资。
劳动者的权益保护：
- 劳动者应了解自己的工作时间和加班情况，确保用人单位未违法安排工作时间。如果权益受到侵害，劳动者可与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
总结与建议：综合工时制下每日工作12小时是否违法，需根据综合计算周期内的总实际工作时间、是否依法审批、是否支付加班工资等因素综合判断。作为劳动者，应了解自己的工作时间和加班情况，确保用人单位未违法安排工作时间。如果权益受到侵害，应及时向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。