公司实行的工时制度是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法工时制度的基本类型
根据我国《劳动法》及相关规定，合法的工时制度主要包括以下几种：
标准工时制：每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时，且每周至少保证劳动者有一天休息时间。这是最常见的工时制度，适用于大多数企业和岗位。
综合计算工时制：针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等，可实行综合计算工时制。即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
不定时工作制：适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者，如企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等。实行不定时工作制的劳动者，不受《劳动法》关于日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制，但用人单位应采用弹性工作时间等适当的工作和休息方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
二、判断公司工时制度是否合法的关键要素
是否经过审批：对于综合计算工时制和不定时工作制，企业需向劳动保障行政部门提出申请，经审批同意后方可实行。未经审批擅自实行的，属于违法行为。
是否保障劳动者权益：无论实行何种工时制度，企业都应保障劳动者的休息休假权利，不得强迫或变相强迫劳动者加班。同时，对于加班的劳动者，企业应依法支付加班费或安排补休。
是否符合行业特点：工时制度的实行应与企业的生产特点、工作特殊需要或职责范围相适应。例如，对于需要连续作业的生产线，实行综合计算工时制可能更为合适；而对于需要灵活安排工作时间的外勤人员，实行不定时工作制可能更为恰当。
三、公司违法实行工时制度的法律后果
如果公司未经审批擅自实行综合计算工时制或不定时工作制，或者实行的工时制度违反了法律法规的规定，损害了劳动者的权益，劳动者可以向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司改正违法行为并赔偿损失。
四、建议
了解公司工时制度：作为劳动者，应了解自己所在公司的工时制度类型及具体规定，确保自己的权益不受侵害。
保留相关证据：如果公司存在违法实行工时制度的行为，劳动者应保留好相关证据，如考勤记录、加班通知、工资条等，以便在维权时提供有力支持。
及时咨询专业律师：如果劳动者对公司的工时制度存在疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总之，公司实行的工时制度是否合法需根据具体情况来判断。如果你对公司的工时制度有疑问或认为自己的权益受到了侵害，请随时向我咨询。