公司单方面修改员工工时制度是否合法，主要取决于修改程序是否合法、修改内容是否合理以及是否满足特殊情况下的调整要求。以下是对这一问题的详细分析：
一、修改程序需合法
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工作时间。这意味着公司必须与劳动者进行协商，并取得其明确同意，才能修改工时制度。
- 如果公司未经劳动者同意擅自更改工时制度，即使调整后的时间符合法律规定，这种行为也是不合法的。
民主程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 公司需确保修改工时制度的程序符合民主程序要求，否则修改行为可能因程序不合法而被认定为无效。
二、修改内容需合理
符合法定工作时间：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是判断公司修改工时制度是否合法的基本标准。
- 如果公司调整后的工时制度仍然在这个范围内，且没有违反其他相关法律法规，那么这种修改在工作时间上是合法的。
保障劳动者休息权：
- 用人单位应保证劳动者每周至少休息一日，任何工时制度的调整都不得剥夺这一基本权利。
- 如果修改后的工时制度导致劳动者休息时间减少，且没有合理的补偿措施，那么这种修改是不合法的。
三、特殊情况下的调整要求
生产经营需要：
- 在生产经营需要的情况下，公司可以与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
- 公司需确保延长工作时间的行为符合法律规定，并依法支付加班费。
特殊行业或岗位：
- 对于某些特殊行业或岗位，如交通、铁路、邮电、航空、旅游等，由于其工作性质和生产特点，可能需要根据实际情况调整工时制度。
- 在这种情况下，公司需要按照《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，经劳动行政部门批准后，才能实行其他工作和休息办法。如果未经批准擅自调整，同样是违法的。
四、不合法修改的法律后果
劳动者有权拒绝执行：
- 如果公司未经劳动者同意擅自更改工时制度，劳动者有权拒绝执行，并可以向公司提出异议。
投诉与仲裁：
- 劳动者认为自己的权益受到侵害时，可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动仲裁部门提起仲裁，以维护自己的合法权益。
经济补偿：
- 如果公司因修改工时制度导致劳动者权益受损，如超时工作未得到相应补偿等，劳动者有权要求公司支付经济补偿。
建议措施：
- 与公司沟通：劳动者可首先与公司管理层进行沟通，了解修改工时制度的具体原因和依据，表达自身关切和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 保留证据：如公司存在违法行为，劳动者应保留相关证据，如考勤记录、工资条、通知文件等，这些证据将有助于后续维权。
- 寻求法律援助：如沟通无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可向我咨询，以获取更专业的法律支持。
综上所述，公司单方面修改员工工时制度的合法性是一个综合考量的问题，既需要考虑修改程序是否合法、修改内容是否合理，也需要考虑是否满足特殊情况下的调整要求。公司应当严格遵守相关法律法规，尊重劳动者的权益，确保修改工时制度的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。